带 grep 和空格的 For 循环

Question

当尝试同时使用 for 循环和 grep 时，我似乎对空格有一点问题。空格很重要，因为例如我想匹配“k117_19650”，而不是“k117_196509”。帮助将不胜感激！

for i in 'k117_19650 ' 'k117_460555 ';do
    grep -A1 $i final.contigs.fa >> gene.fa
done

Answer 1

您面临的问题与您使用 shell 变量有关。特别是当使用包含“非标准”字符（例如空格）的变量时，总是引用你的变量使用它们时，请参阅此处的讨论：

• 忘记在 bash/POSIX shell 中引用变量的安全隐患
• 为什么我的 shell 脚本会因为空格或其他特殊字符而卡住？ （这两个是根据 Stéphane Chazelas 的建议）
• 在堆栈溢出上或者这里。

在你的情况下：

grep -A1 -- "$i" final.contigs.fa >> gene.fa

应该可以解决这个问题（这里还添加一个--以防止$i以 开头的值-）。

Answer 2

为了进行这种分离（匹配 'k117_19650 '，但不匹配 'k117_196509 ' ），您可以使用-win grepwhich 使其搜索整个单词而不是子字符串。

for i in k117_19650 k117_460555 ;do
    grep -w -A1 "$i" final.contigs.fa >> gene.fa
done