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在 vim 中匹配模式后添加行号

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在 vim 中匹配模式后添加行号

我有原始序列，我必须将其转换为 fasta 格式。所以读取如下：

CTACGGTGTGCTCTTCCGATCTGACTATG
AGTTGGTGTGCTCTCCCGATCTCGCTCCCTC
GTGAGGTGTGCTCTTCCGATCTCCGGCAGTGTGCT

我想在每行上方添加 > 和数字，所以最后它看起来应该是这样的：

>1
CTACGGTGTGCTCTTCCGATCTGACTATG
>2
AGTTGGTGTGCTCTCCCGATCTCGCTCCCTC
>3
GTGAGGTGTGCTCTTCCGATCTCCGGCAGTGTGCT

我该如何在 vim 中操作？如果没有 vim，我可以使用 sed 命令吗？

答案1

在 vim 中，我会添加第一行 ( >1)，然后创建一个简单的宏，该宏会提取编号行，向下移动一行，粘贴提取的内容并增加数字。在 vim 正常模式命令中：yyjpCtrl-a。如果您将宏保存到注册q，请使用 执行它@q。

假设第一条记录在第一行，您可以通过两次调用 GNU sed 来完成此操作，如下所示：

sed '=' file | sed 's/^[0-9]/>&/'

或者nl仅使用包含数据的数字行：

nl file | sed 's/^ *\([0-9]\+\)\t*/>\1\n/'

可以更直观地完成awk：

awk 'NF { print ">" ++i "\n" $0 }' file

所有情况下的输出：

>1
CTACGGTGTGCTCTTCCGATCTGACTATG
>2
AGTTGGTGTGCTCTCCCGATCTCGCTCCCTC
>3
GTGAGGTGTGCTCTTCCGATCTCCGGCAGTGTGCT

答案2

要插入将在下一个命令中使用的行号和标记，可以使用以下命令：

:%s/^/\=printf('>%-d ', line('.'))

要插入换行符，请将一些提示替换为“\r”。在这种情况下，像这样的简单操作应该可以完成此任务

:'<,'>s/ /\r

还有更多 vim 技巧http://vim.wikia.com/wiki/Vim_Tips_Wiki

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