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在 RHEL 6.2 中安装 pROC 和 Rcpp 问题

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在 RHEL 6.2 中安装 pROC 和 Rcpp 问题

我在 Linux Red Hat 6.2 上安装了 R 2.15.2，我想安装 pROC 包，但出现与 Rcpp 包相关的错误。然后我尝试安装 Rcpp，但没有成功。如何实现？我已经安装了最新版本的 EPEL（epel-release-6-8.noarch.rpm）。谢谢！

> 安装.软件包（“pROC”）
将软件包安装到“/usr/lib64/R/library”

警告：依赖项“Rcpp”不可用
尝试 URL 'http://cran.parentingamerica.com/src/contrib/pROC_1.7.3.tar.gz'
内容类型“application/x-gzip”长度 93082 字节 (90 KB)
打开的 URL
==================================================
下载 90 Kb

* 安装*源*包“pROC”...
** 成功解压“pROC”包并检查 MD5 值
** 库
g++ -m64 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/local/include -I"/usr/lib64/R/library /Rcpp/include" -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -c RcppExports. cpp -o RcppExports.o
RcppExports.cpp：在函数“SEXPREC* pROC_delongPlacementsCpp(SEXPREC*)”中：
RcppExports.cpp:15：错误：“input_parameter”不是“Rcpp::traits”的成员
RcppExports.cpp:15：错误：“>”标记之前应有主表达式
RcppExports.cpp:15：错误：“::type”尚未声明
RcppExports.cpp:15：错误：“roc”之前应为“；”
RcppExports.cpp:16：错误：“roc”未在此范围内声明
RcppExports.cpp：在函数“SEXPREC* pROC_rocUtilsPerfsAllC(SEXPREC*, SEXPREC* , SEXPREC*, SEXPREC*)”中：
RcppExports.cpp:30：错误：“input_parameter”不是“Rcpp::traits”的成员
RcppExports.cpp:30：错误：预期在“>”标记之前的主要表达式
RcppExports.cpp:30：错误：“::type”尚未声明
RcppExports.cpp:30：错误：“thresholds”之前应有“；”
RcppExports.cpp:31：错误：“input_parameter”不是“Rcpp::traits”的成员
RcppExports.cpp:31：错误：预期在“>”标记之前的主要表达式
RcppExports.cpp:31：错误：“::type”尚未声明
RcppExports.cpp:31：错误：“controls”之前应有“；”
RcppExports.cpp:32：错误：“input_parameter”不是“Rcpp::traits”的成员
RcppExports.cpp:32：错误：“>”标记之前应有主表达式
RcppExports.cpp:32：错误：“::type”尚未声明
RcppExports.cpp:32：错误：“cases”之前应有“；”
RcppExports.cpp:33：错误：“input_parameter”不是“Rcpp::traits”的成员
RcppExports.cpp:33：错误：“>”标记之前应有主表达式
RcppExports.cpp:33：错误：“::type”尚未声明
RcppExports.cpp:33：错误：“direction”之前应有“；”
RcppExports.cpp:34：错误：“阈值”未在此范围内声明
RcppExports.cpp:34：错误：“controls”未在此范围内声明
RcppExports.cpp:34：错误：“cases”未在此范围内声明
RcppExports.cpp:34：错误：“方向”未在此范围内声明
制作：*** [RcppExports.o] 错误 1
错误：包“pROC”编译失败
* 删除“/usr/lib64/R/library/pROC”

下载的源码包位于
        “/tmp/RtmpGVsd3V/downloaded_pa​​ckages”
更新 '.Library' 中包的 HTML 索引
制作 packages.html...完成
警告信息：
在 install.packages("pROC") 中：
  软件包“pROC”的安装退出状态为非零
>
> 安装.软件包（“Rcpp”）
将软件包安装到“/usr/lib64/R/library”
（因为“lib”未指定）
警告信息：
包“Rcpp”不可用（对于 R 版本 2.15.2）
>
> R.版本
平台 x86_64-redhat-linux-gnu
x86_64 架构
操作系统 Linux GNU
系统 x86_64, linux-gnu
地位
主要 2
轻微 15.2
2012 年
第十个月
第 26 天
svn 修订版本 61015
语言 R
version.string R 版本 2.15.2（2012-10-26）
昵称 不给糖就捣蛋


[root@*********:~]$ lsb_release -a
LSB 版本：：core-4.0-amd64：core-4.0-noarch：graphics-4.0-amd64：graphics-4.0-noarch：printing-4.0-amd64：printing-4.0-noarch
分销商 ID：RedHatEnterpriseServer
描述：Red Hat Enterprise Linux Server 版本 6.2

答案1

不幸的是，您正在运行一个相当过时的 RHEL 版本（我知道它不再受支持），它附带一个相当过时的 版本R。

当前版本Rcpp需要R >= 3.0.0，而您没有。因此，您有两种可能性：

  1. 更新您的R安装，至少有 R 3.0.0
  2. 您安装了旧版本的Rcpp
  3. 您更新了 RHEL 版本。

选项 1 表示下载并编译最新版本的 R。如果选择选项 2，则必须手动找出哪个版本的 Rcpp 支持 R 2.15.2（它似乎是 0.10.5）并手动安装它（R CMD INSTALL Rcpp-*.tar.gz）。

我建议选择选项 3。

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