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修改 bash 脚本中的各个文本字段

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修改 bash 脚本中的各个文本字段

我有这个变量，其长度应始终为 9 个字符

PEPTIDE_SEQ="AAAAAAAAA"

然后我创建了长度变量

len=9

我想要做的是从 PEPTIDE_SEQ 开始并输出到文件块，如下所示：

AAAAAAAAA
CAAAAAAAA
DAAAAAAAA
EAAAAAAAA
FAAAAAAAA
GAAAAAAAA
HAAAAAAAA
IAAAAAAAA
KAAAAAAAA
LAAAAAAAA
MAAAAAAAA
NAAAAAAAA
PAAAAAAAA
QAAAAAAAA
RAAAAAAAA
SAAAAAAAA
TAAAAAAAA
VAAAAAAAA
WAAAAAAAA
YAAAAAAAA

排除字符 B、J、O、U、X、Z，我只能重复 PEPTIDE 变量并使用此代码将其输出到文件

while [ $i -le 20 ]
do
    printf '%*s\n' "$len" | tr ' ' "$PEPTIDE_SEQ"  >> demo.txt
    i=$(( i+1 ))     # increments $i
done

我怎样才能使用 sed 或 awk 模拟该代码块？然后创建另一个代码块，但这次替换第二个字母，然后重复第三个代码块的循环，替换第三个字母，依此类推。

答案1

和bash：

#!/bin/bash

pep="AAAAAAAA"

pos=1
while [ "$pos" -le "${#pep}" ]; do
    for aa in A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W X Y
    do
        printf '%s%s%s\n' "${pep:0:pos-1}" "$aa" "${pep:pos}"
    done
    pos=$(( pos + 1 ))
done

外环while逐步遍历给定肽序列中的位置，并且对于每个位置，有效的氨基酸代码在该位置被一一放入肽中（这使用肽部分的子串扩展直到相关位置，插入改变的氨基酸，然后对肽的尾端进行另一个子串扩展）。

答案2

你的规格不太清楚。会走多远

awk -vPS="$PEPTIDE_SEQ" -vLEN=$len -vXCLI="B,J,O,U,X,Z" '
BEGIN   {PS = substr (PS, 2)     
         for (n=split (XCLI, T, ","); n; n--) XCL[T[n]]
         for (i=65; i<=90; i++) {C = sprintf ("%c", i)
                                 if (!(C in XCL)) printf "%s%s ", C, PS
                                }
         printf RS
        }
'
AAAAAAAAA CAAAAAAAA DAAAAAAAA EAAAAAAAA FAAAAAAAA GAAAAAAAA HAAAAAAAA IAAAAAAAA KAAAAAAAA LAAAAAAAA MAAAAAAAA NAAAAAAAA PAAAAAAAA QAAAAAAAA RAAAAAAAA SAAAAAAAA TAAAAAAAA VAAAAAAAA WAAAAAAAA YAAAAAAAA

我懂了？

编辑：阅读您的评论后重新阅读规范，我想出了

awk -vPS="$PEPTIDE_SEQ" -vXCL="B,J,O,U,X,Z" '
BEGIN   {for (i=65; i<=90; i++) if (!(index(XCL, S = sprintf ("%c", i)))) print C[++n] = S, n
         for (i=1; i<=length(PS); i++)  {for (j=1; j<=n; j++) print substr (PS, 1, i-1) C[j] substr (PS, i+1)
                                         print ""
                                        }
        }
'

这符合您的需求吗？请注意，您只需要指定要排除的字符，而不是所有缺少“坏”字符的“好”字符。

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