我正在尝试运行一些脚本（无论是 Python、Java 还是其他）。开发人员在他们的文档中提供了代码供我输入。以下是一些示例：
java -Xmx2g -jar muTect-XXXX-XX-XX.jar
--analysis_type MuTect
--reference_sequence <reference>
--cosmic <cosmic.vcf>
--dbsnp <dbsnp.vcf>
--intervals <intervals_to_process>
--input_file:normal <normal.bam>
--input_file:tumor <tumor.bam>
--out <call_stats.out>
--coverage_file <coverage.wig.txt>
或者
$ sudo easy_install virtualenv
到目前为止，我已经完成了以下操作：1) 在 Windows 7 中，我安装了 Cygwin；2) 我为任何基于 Linux 的计算机安装了 Ubuntu。
我的问题：我尝试将它们放入 cygwin，更改对我的文件路径的所有引用等。但是，我似乎无法让任何事情正常工作。我想我做错了一些非常基本的事情。有人对如何入门有任何见解或非常基本的教程吗？我甚至不确定在 Google 中使用什么搜索词来查找这种东西。
谢谢你的帮助。
答案1
您需要安装 Java 运行时环境 (JRE) 来运行 JAR（编译后的程序，而不是脚本）。
然后可以通过常规 cmd 命令提示符（不需要 Cygwin）或双击 Windows 资源管理器来启动 JAR。由于您想向其传递参数，因此您应该从命令提示符运行它。
答案2
即使安装了 Cygwin，也并非所有类 UNIX 命令都能在 Windows 下运行，因此这可能是造成您困惑的部分原因。
您没有提到是否安装了 Java Runtime（正如 Karen 指出的那样），也没有提到是否安装了 Python。在 Windows/Cygwin 下执行所有这些操作确实很复杂。我建议您暂时使用 Ubuntu 系统，直到您更好地掌握情况为止。在您掌握情况之前，Linux（例如 Ubuntu）比 Windows 更适合命令行。
对于 Java 应用程序，您可能不需要 Cygwin，因为 Java 非常擅长跨平台。因此请尝试从 Windows 命令提示符运行该命令。请注意，您已将其写在多行上，如果您想将其直接放入命令提示符中，它必须在一行上，并用空格代替换行符。此外，该命令引用了许多资源和代码文件，除非您为它们添加文件夹前缀，否则它们都需要位于您发出命令的文件夹中。
我强烈建议您从 Ubuntu 和 Python 开始。Python 是学习计算机和编程的绝佳语言，只需谷歌一下，就能找到数百个非常好的教程。使用这些教程，您可以快速从运行基本的交互式 Python 代码过渡到从文件加载代码，并随时了解文件夹。当您搞定这些后，其余的事情就会水到渠成了。
转向 Java 和 Python 虚拟环境则稍微高级一些。