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SED 删除 csv 列（如果存在）

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SED 删除 csv 列（如果存在）

如果此列存在，我需要从表格 CSV 文件中删除该列。

我的 CSV 文件：

GENE REF ALT
AKT  A   G
AKT  G   G

所需的输出：如果列 REF 存在，则删除此列

GENE  ALT
AKT    G
AKT    G

我尝试这样做：

sed 's/\tREF.[^\t]*//' filename.csv

但它不起作用。

答案1

嗨，米勒（http://johnkerl.org/miller/doc) 和这个 input.csv

GENE,REF,ALT
AKT,A,G
AKT,G,G

很容易

mlr --csv cut -x -f REF input.csv

输出是

GENE,ALT
AKT,G
AKT,G

答案2

和perl

$ perl -F'\t' -lane '@non_ref_cols = grep { $F[$_] ne "REF" } 0..$#F if $. == 1;
                     print join "\t", @F[@non_ref_cols]' ip.txt
GENE    ALT
AKT     G
AKT     G
  • -F'\t'使用制表符作为字段分隔符
  • @non_ref_cols = grep { $F[$_] ne "REF" } 0..$#F if $. == 1对于标题行，获取所有非字段的索引REF
  • print join "\t", @F[@non_ref_cols]使用我们为标题行获得的索引数组打印所有字段，使用制表符作为字段分隔符

答案3

使用 awk：

awk -F'\t' -v OFS='\t' '
  NR == 1 {for (i=1; i<=NF; i++) if ($i == "REF") refCol = i}
  refCol {for (i = refCol + 1; i <=NF; i++) $(i-1) = $i; NF--}
  1
' file.csv

第一行查找哪一列是 REF 列。如果没有这样的列，则 refCol 变量将未初始化。
如果找到该列，第二行将删除该列。
第三行打印记录。

答案4

您可以确定哪一列REF位于 with grep，然后决定删除它，例如使用 GNU cut 并假设您的标题是单个单词并且分隔符是制表符：

colnumber=$(head -n1 file.tsv | grep -o '[^\t]\+' | grep -nx 'REF' | cut -d: -f1)
[[ -n $colnumber ]] && cut --complement -f$colnumber file.tsv > file.tsv.new

输出：

GENE    ALT
AKT     G
AKT     G

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