如何仅使用两列比较两个文件并打印差异(不排序)?

如何仅使用两列比较两个文件并打印差异(不排序)?

我有两个文件:

文件一:

No  ID  CV  CA1 CA2
1   transcr_10283   0.999023367236861   -0.344113101336184  -0.032235130455987
2   transcr_10371   -0.572755303094372  -0.579145581184253  0.879510598089221
3   transcr_10391   0.999589933675858   -0.379226454955611  -0.302057879326854
4   transcr_10428   0.128862262957329   0.579502720160717   -0.960283285879896
5   transcr_10673   -0.555906836336222  0.996418809959179   0.83927901939441
6   transcr_10719   -0.977601905205625  -0.297994976855801  -0.988480730161833
7   transcr_10805   -0.994387636575223  -0.924363947763111  -0.096820331033279
8   transcr_1084    0.929966893591254   0.994040100421911   0.604483398826667
9   transcr_10892   0.987734223438821   0.822187392097743   0.968727545498998
10  transcr_10892   0.999938729100654   -0.985209499864003  0.958993756142276

文件2:

No  ID  CV  CA1 CA2
1   transcr_8921    0.972442945255909   0.937065785923838   0.999643394568925
2   transcr_10428   0.128862262957329   0.808685528374441   -0.987431892147214
3   transcr_25793   -0.576556453265197  0.956853490465593   -0.712579124289414
4   transcr_1966    0.66610055219078    0.199587132187484   0.47438019134052
5   transcr_10428   -0.770206245250698  -0.434541952574813  0.413082695627957
6   transcr_20649   0.828958672046763   -0.301011711451322  0.85215236415901
7   transcr_11317   0.09699438477018    -0.728279374568874  -0.555587423971877
8   transcr_11317   -0.556544875244594  0.52241898249443    0.361144169769576
9   transcr_7135    0.525796225375268   -0.915309254508446  0.352117890583668
10  transcr_6234    -0.254737326090742  -0.842640701643698  0.435449408114073

我需要一个结果文件,该文件具有使用列file1(行数较少)与file2(行数较多)$2$3.所以,我正在寻找这样的东西:

No  ID  CV  CA1 CA2
1   transcr_10283   0.999023367236861   -0.344113101336184  -0.032235130455987
2   transcr_10371   -0.572755303094372  -0.579145581184253  0.879510598089221
3   transcr_10391   0.999589933675858   -0.379226454955611  -0.302057879326854
5   transcr_10673   -0.555906836336222  0.996418809959179   0.83927901939441
6   transcr_10719   -0.977601905205625  -0.297994976855801  -0.988480730161833
7   transcr_10805   -0.994387636575223  -0.924363947763111  -0.096820331033279
8   transcr_1084    0.929966893591254   0.994040100421911   0.604483398826667
9   transcr_10892   0.987734223438821   0.822187392097743   0.968727545498998
10  transcr_10892   0.999938729100654   -0.985209499864003  0.958993756142276

File2 未排序,我正在寻找一种无需对文件进行排序的方法。

谢谢!

编辑:为了使其更容易被看到,transcr_10428 0.128862262957329在本例中, 的行被删除了。

答案1

awk

$ awk -v FS="\t" -v OFS="\t" 'NR==FNR {trans[$2"|"$3]++; next;} FNR==1 {print} FNR>1 {if(!trans[$2"|"$3]) print}' file2 file1
  • 首先file2读入,并使用第 2 列和第 3 列的值将其作为键存储在列表中。
  • 如果file1读入,则打印标题行。对于下一行,我们检查之前创建的列表中是否存在具有第 2 列和第 3 列值的键。如果没有,我们打印出该行。

答案2

文件比较的方式没有明确解释/定义。

然而,这并不妨碍我尝试读懂你的想法......

据我了解,文件2是一种数据库文件或参考。文件 1 据称包含新数据。

我理解的“比较”:如果文件 1 的第 2 或第 3 列的值已在文件 2(即引用)中找到,则不要打印/包含它。否则打印/包含它。

好消息是,它确实不需要排序......正如您所要求的那样......。

下面是一个带有 2 个参数的脚本:第一个是新的数据文件(示例中的文件 1)。第二个是数据库文件(示例中的文件 2)。

#!/bin/bash

new_file=$1
db_file=$2

# Just checking the last parameter
if [ "x" = "x$db_file" ]; then
    echo >&2 "[ERROR] This scripts expect 2 file path as parameter."
    exit 1
fi

if [ ! -f $new_file ]; then
    echo >&2 "[ERROR] First parameter file doesn't exist."
    exit 2
fi

if [ ! -f $db_file ]; then
    echo >&2 "[ERROR] First parameter file doesn't exist."
    exit 3
fi


declare -A data_base

# Open both files and assign to file descriptor 10 and 11
exec 10< $new_file
exec 11< $db_file

# Step 1
# Building map of base data first (for the comparison to happen in next step)
first_line=1
while [ /bin/true ]; 
do
    read -u 11 db_file_col1 db_file_col2 db_file_col3 db_file_rest  || {
        break;
    }

    # Skipping the header so that it will appear in the diff as shown in the example
    if [  $first_line -ne 0 ]; then
        first_line=0
        continue
    fi


    # Creating map from Col 2 and Col 3 (keys) to the whole line (value)
    data_base[$db_file_col2]="$db_file_col1 $db_file_col2 $db_file_col3 $db_file_rest"
    data_base[$db_file_col3]="$db_file_col1 $db_file_col2 $db_file_col3 $db_file_rest"
done


# Step 2
# Actual comparison ... 
while [ /bin/true ]; 
do
    read -u 10 new_file_col1 new_file_col2 new_file_col3 new_file_rest  || {
        break;
    }

    if [ -z "${data_base[$new_file_col2]}" ] && [ -z "${data_base[$new_file_col3]}" ]; then
        echo "$new_file_col1 $new_file_col2 $new_file_col3 $new_file_rest"
    fi

done

例如,如果将脚本保存到名为 process.sh 的文件中(然后使用“chmod 755 process.sh”使其可执行),则执行:

./process.sh file1 file2 

同时导致您确切的预期输出/结果。

注意:此脚本将文件 2 的内容至少两倍保存到内存中。确保你有足够的内存....

相关内容