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如何生成数据透视表？

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如何生成数据透视表？

我有一个如下所示的文件：

latitude Chr01 0.85
latitude Chr05 0.25
latitude Chr11 0.07
latitude Chr13_a 0.26
latitude Chr13_b 0.00
latitude Chr14_a 0.00
latitude Chr14_b 1
latitude Chr15 1
latitude Chr16_a 0.01
latitude Chr16_b 1
latitude Chr17 0.62
MCMT Chr01 1
MCMT Chr05 0.30
MCMT Chr11 0.018
MCMT Chr13_a 0.34
MCMT Chr13_b 0.00
MCMT Chr14_a 0.00
MCMT Chr14_b 1
MCMT Chr15 1
MCMT Chr16_a 0.00
MCMT Chr16_b 1
MCMT Chr17 0.18
tD Chr01 0.09
tD Chr05 0.00
tD Chr11 0.02
tD Chr13_a 0.04
tD Chr13_b 2.88
tD Chr14_a 5.25
tD Chr14_b 1
tD Chr15 1
tD Chr16_a 0.00
tD Chr16_b 1
tD Chr17 0.00

我想将我的文件转换成这种格式

env     chr01   chr05   chr11   chr13_a chr13_b chr14_a chr14_b chr15   chr16_a chr16_b chr17
latitude        0.85    0.25    0.07    0.26    0       0       1       1       0.01    1       0.62
MCMT    1       0.3     0       0.34    0       0       1       1       0       1       0.18
TD      0.09    0       0.02    0.04    2.88    5.25    1       1       0       1       0

我怎样才能做到这一点？

答案1

可能有专门用于此目的的生物信息学工具 - 但除此之外您可以使用GNU 数据混合

$ datamash -s crosstab 1,2 unique 3 < file
        Chr01   Chr05   Chr11   Chr13_a Chr13_b Chr14_a Chr14_b Chr15   Chr16_a Chr16_b Chr17
MCMT    1       0.30    0.018   0.34    0.00    0.00    1       1       0.00    1       0.18
latitude        0.85    0.25    0.07    0.26    0.00    0.00    1       1       0.01    1       0.62
tD      0.09    0.00    0.02    0.04    2.88    5.25    1       1       0.00    1       0.00

如果输出行的顺序很重要，请将结果通过管道传输sort

顺便说一句，这并不是真正的转置 - 它是交叉表（有时称为数据透视表）。

答案2

与米勒 (http://johnkerl.org/miller/doc）

mlr --inidx --ifs " " --opprint rename 1,env,2,key,3,value then  reshape -s key,value  input.txt

给你

env      Chr01 Chr05 Chr11 Chr13_a Chr13_b Chr14_a Chr14_b Chr15 Chr16_a Chr16_b Chr17
latitude 0.85  0.25  0.07  0.26    0.00    0.00    1       1     0.01    1       0.62
MCMT     1     0.30  0.018 0.34    0.00    0.00    1       1     0.00    1       0.18
tD       0.09  0.00  0.02  0.04    2.88    5.25    1       1     0.00    1       0.00

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