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仅扩展定界文档中的某些变量

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仅扩展定界文档中的某些变量

这是我提出的问题的延伸。 将目录从命令行传递到 shell 脚本

我有一个脚本，它使用定界符编写另一个脚本。我需要能够在定界文档中写入未展开的变量，因此我使用单引号 ( 'EOF')。但是，我需要扩展一个变量。给定下面的脚本，我如何$sourcedir在heredoc中写入 的值？

#!/bin/bash 

sourcedir="$1"
cd $sourcedir

find "$PWD" -maxdepth 2 -name \*_R1*.fastq.gz > list1

fastq_list=$sourcedir/list1 echo `cat $fastq_list` num_files=$(wc -l < 
 $sourcedir/list1) echo $num_files



cat > run_array_job.sh<<'EOF'

#!/bin/bash -l
#$ -j y
#$ -cwd -S /bin/sh
#$ -l h_vmem=10G
#$ -pe smp 12

if [ -z "${SGE_TASK_ID}" ]; then   echo "Need to set SGE_TASK_ID"   exit 1 fi


 BASEDIR=$sourcedir

 echo "BASEDIR" echo $BASEDIR

 BASEFILES=$( ls *_R1.fastq.gz)
 BASEFILES_ARRAY=(${BASEFILES})
 BASEFILE=${BASEFILES_ARRAY[(${SGE_TASK_ID} - 1)]}
 echo $BASEFILE


 ...................
 ...................

 EOF

 qsub -t 1-${num_files}  run_array_job.sh

我正在使用运行这个脚本

bash script.sh /home/dir/data

我可以将 /home/dir/data 作为 $1 传递到 sourcedir，但它还需要传递到 BASEDIR ，在使用 qsub 提交到集群的数组脚本中。

答案1

您可以最直接地根据您的使用情况来执行此操作，只需将您的heredoc分成两部分：

cat > run_array_job.sh<<'EOF'

#!/bin/bash -l
...
EOF

printf 'BASEDIR="%s"\n" "$sourcedir" >> run_array_job.sh

cat >> run_array_job.sh<<'EOF'
echo "BASEDIR" echo $BASEDIR
...
EOF

qsub -t 1-${num_files}  run_array_job.sh

这只是构建文件的第一部分，使用 附加您想要在第一部分末尾可用的变量的单行>>，然后以相同的方式将文档的其余部分连接到末尾。

最后你会得到相同的连贯文件，并且只需要额外编写几行。如果您有多个变量要传递，您也可以将它们一次性全部放入。

答案2

这有点难以做到，因为与引号不同，您不能在此处文档中停止并重新启动扩展。但我们可以使用以下命令对此处文档进行后处理sed：

#!/bin/bash
sourcedir=/some/path
sed -e "s,%%sourcedir%%,$sourcedir,g" << 'EOF'
some commands here with $variables not expanded 
except for the special %%sourcedir%%, which is
EOF

运行产生输出：

some commands here with $variables not expanded 
except for the special /some/path, which is

该sed命令只是简单地更改 的所有实例，%%sourcedir%%无论其值如何$sourcedir（只要它不包含逗号；s那么您需要将命令的分隔符更改为其他内容。）

为了清楚起见，我将占位符更改为另一种格式，但您也可以将其保留为$sourcedir然后使用sed -e "s,\$sourcedir,$sourcedir,". （尽管请注意，它也会匹配$sourcedirectory和其他类似的变量，但${sourcedir}即使这在 shell 中是等效的。）

或者，使用GNUenvsubst在文档上，如果您有它（它是 的一部分gettext）：

#!/bin/bash
export sourcedir=/some/path
envsubst '$sourcedir' << 'EOF'
some commands here with $variables not expanded 
except for the special $sourcedir, which is
EOF

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