我有一台预装了 HDD 和 Windows 8 的笔记本电脑。我用 SSD 替换了 HDD，并用 optibay 将 HDD 放置在光驱托架的位置。我在 SSD 上安装了新的 Windows，之后又安装了 Ubuntu。
我的问题是，从 GRUB 启动到 Windows 时，经常会收到以下错误消息：
错误：不是有效的根设备。
这种情况并不总是发生，但大约有一半的时间会发生。当这种情况发生时，如果我进入 UEFI 启动设置并更改启动顺序，使 Windows 领先于 Ubuntu (GRUB)，Windows 仍然可以启动。当然，在这种情况下，我只能启动 Windows，如果我想启动 Ubuntu，我必须返回启动设置并改回顺序。相当烦人。
（这种情况已经持续了很长一段时间，但现在我才真正受够了，因为我必须频繁地在两个操作系统之间切换。）
我调查了这个问题，结果发现出于某种原因，当我在 SSD 上安装 Windows 时，它仍然决定使用已经在 HDD 上创建的 ESP。Ubuntu 也将自己注册到 sdb1 上的同一个 ESP 中，但也在 sda3 上创建了自己的 ESP。
当我启动 Ubuntu 时，/dev/sda3 被挂载到 /boot/efi，其中只有 Ubuntu 启动文件：
> ls -lR /boot/efi
/boot/efi:
total 4
drwxr-xr-x 3 root root 4096 feb 13 2016 EFI
/boot/efi/EFI:
total 4
drwxr-xr-x 2 root root 4096 feb 13 2016 ubuntu
/boot/efi/EFI/ubuntu:
total 3444
-rwxr-xr-x 1 root root 126 aug 20 13:50 grub.cfg
-rwxr-xr-x 1 root root 958328 aug 20 13:50 grubx64.efi
-rwxr-xr-x 1 root root 1271672 aug 20 13:50 MokManager.efi
-rwxr-xr-x 1 root root 1289424 aug 20 13:50 shimx64.efi
sdb1 没有自动挂载。如果我挂载它，我可以看到 Ubuntu 和 Windows 的启动文件（文件太多，无法全部列出）：
> ll sdb1/EFI/
total 20
drwxr-xr-x 5 root root 4096 mrt 13 2015 ./
drwxr-xr-x 6 root root 4096 jan 1 1970 ../
drwxr-xr-x 2 root root 4096 mrt 13 2015 Boot/
drwxr-xr-x 4 root root 4096 okt 12 2014 Microsoft/
drwxr-xr-x 2 root root 4096 mrt 13 2015 ubuntu/
此处的文件夹ubuntu似乎也包含所有相关文件，除了较旧的文件：
sdb1/EFI/ubuntu:
total 3444
-rwxr-xr-x 1 root root 126 jan 8 2016 grub.cfg
-rwxr-xr-x 1 root root 958328 jan 8 2016 grubx64.efi
-rwxr-xr-x 1 root root 1271672 jan 8 2016 MokManager.efi
-rwxr-xr-x 1 root root 1289424 jan 8 2016 shimx64.efi
我对这种情况不太满意，理想情况下我希望 HDD (sdb) 仅用作数据存储，这样我就可以根据需要将其移除。当然，目前这是不可能的，因为 (更完整的) ESP 位于该磁盘上。
我还怀疑这在某种程度上导致了error: not a valid root device我之前描述的问题。
您建议我如何解决这种情况？