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Mac 终端上的 bash 命令不再起作用

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Mac 终端上的 bash 命令不再起作用

我一直试图在我的 Mac 上安装 blastn，但在安装过程中弄乱了我的 bash 命令，我猜（不是专家......）

- using the nano command nano ~/.profile
- i`ve changed my PATH; export PATH=/Users/YourName/blast-2.2.22/bin:${PATH}
- now i can not run any command anymore in the terminal (also other shell)

-bash：导出：`/Users/Tom/ncbi-blast-2.6.0+/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/ncbi/blast/bin'：不是有效标识符

由于我不是专家，我不知道如何将事情改回来......

答案1

三个步骤：首先，你可能可以从终端运行命令。您只是不知何故弄乱了搜索路径。但您仍然可以通过指定其完整路径来启动程序。

例如，即使 /usr/local/bin/ 不在您的搜索路径中，仍会启动bash /usr/local/bin/bash。（根据需要调整路径，我不知道 OS X 默认将 bash 存储在哪里。我只是使用了 bash 在 FreeBSD 上的位置）。

是的，您可以运行命令。您可以使用这些命令来修复问题。


其次，您可能不需要查找所有路径。为当前 shell 设置新路径应该像键入export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin"并按enter或 一样简单return。这只是暂时针对打开的 shell，但它将使恢复变得更加容易。


第三，让我们尝试找到错误并永久修复它。

错误信息非常清楚。引用您自己的帖子：export: /Users/Tom/ncbi-blast-2.6.0+/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/ncbi/blast/bin': not a valid identifier

您的编辑中某处有错误。请通过临时恢复路径（参见第 2 节）或指定完整路径再次打开 .profile。

如果您有备份文件，请恢复它。如果没有，请查找如下条目：

PATH=/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/mysql/bin:$PATH 或
`PATH="$PATH:/newfoldertosearch"

找到您自己的编辑。删除它们（或通过在#它们前面放置一个来取消注释，然后尝试找到错误。它可以像使用 ; 而不是 : 一样简单。其他容易忽略的东西是空格或不可打印的字符。

编辑此文件时，不要关闭当前 shell。保持已知工作（或已知临时恢复）的 shell 打开，并在第二个 shell 中进行测试。这对于编辑您的个人资料来说是一种很好的做法。



PS：ncbi-blast-2.6.0+ 末尾未加引号的字符串中的加号可能是这种情况，但我没有 OSX 可以进行测试。

答案2

这会将您的 PATH 变量重置为其默认值并使您的命令再次起作用：

PATH=$(getconf PATH)

然后，不要使用

export PATH=/Users/YourName/blast-2.2.22/bin:${PATH}

使用：

export PATH="$HOME/blast-2.2.22/bin:${PATH}"

最后，假设您正在将 PATH 定义添加到.profile或.bashrc，您可以通过执行 来测试更改bash -l。这将调用 bash 作为子 shell，但它将像您登录一样运行。您可以测试更改是否按预期工作，然后键入exit以终止该子 shell 并返回到原始登录 shell。

答案3

  • 现在我无法再在终端（以及其他 shell）中运行任何命令

你的问题的这部分发生在我身上，所以我所做的是：

1）export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin"在终端中输入以使其暂时工作

2）输入以下命令编辑 bash_profile/usr/bin/open ~/.bash_profile -a TextEdit

3）当我打开我的 bash_profile 文件时，我发现最后一行export看起来很乱，有一些奇怪的符号，所以我把它完全改成了export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH

我在这方面绝对是初学者，但我通过阅读 SE 上不同问题的解决方案设法获得了这些步骤，所以希望它可以帮助其他人。

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