如何将基本名称与并行一起使用？

Question 1

您的basename命令仅删除固定.fasta扩展名 - 据我所知它无法删除可变模式。

然而GNUparallel提供了一个Perl 表达式替换字符串basename比前更强大的设施。给定

$ ls *_chrm.part*.fasta
ERR358546_chrm.part-2.fasta  ERR358546_chrm.part-5.fasta  ERR358546_chrm.part-8.fasta
ERR358546_chrm.part-3.fasta  ERR358546_chrm.part-6.fasta  ERR358546_chrm.part-9.fasta
ERR358546_chrm.part-4.fasta  ERR358546_chrm.part-7.fasta

然后

$ parallel echo Result'{= s:_.*$:: =}' ::: *_chrm.part*.fasta
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546

其中替换将s:_.*$::下划线之后的所有内容替换为空。移植到原来的命令：

time parallel ' 
  singularity exec -B "$PWD" /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg \
  perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl \
  -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so \
  -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 \
  -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv \
  -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv \
  -cas -def G --meta \
  -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result'{= s:_.*$:: =}' \
  -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}
' ::: *_chrm.part*.fasta

如果您想捕获并包含零件索引，您可以将表达式修改为

Result'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:_$1: =}'

或者

'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:Result_$1: =}'

例如。

Answer

您的basename命令仅删除固定.fasta扩展名 - 据我所知它无法删除可变模式。

然而GNUparallel提供了一个Perl 表达式替换字符串basename比前更强大的设施。给定

$ ls *_chrm.part*.fasta
ERR358546_chrm.part-2.fasta  ERR358546_chrm.part-5.fasta  ERR358546_chrm.part-8.fasta
ERR358546_chrm.part-3.fasta  ERR358546_chrm.part-6.fasta  ERR358546_chrm.part-9.fasta
ERR358546_chrm.part-4.fasta  ERR358546_chrm.part-7.fasta

然后

$ parallel echo Result'{= s:_.*$:: =}' ::: *_chrm.part*.fasta
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546

其中替换将s:_.*$::下划线之后的所有内容替换为空。移植到原来的命令：

time parallel ' 
  singularity exec -B "$PWD" /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg \
  perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl \
  -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so \
  -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 \
  -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv \
  -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv \
  -cas -def G --meta \
  -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result'{= s:_.*$:: =}' \
  -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}
' ::: *_chrm.part*.fasta

如果您想捕获并包含零件索引，您可以将表达式修改为

Result'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:_$1: =}'

或者

'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:Result_$1: =}'

例如。

Question 2

您的basename命令仅删除.fasta：

$ basename ERR358546_chrm.part-1.fasta .fasta
ERR358546_chrm.part-1

要仅获取序列名称，您需要删除更多序列名称，并且由于part更改后的数字，您不能使用basename.但是，您可以使用 shell 本身并删除第一个之后的所有内容_：

$ name="ERR358546_chrm.part-1.fasta"
$ newName="${name%%_*}"
$ echo "$newName"
ERR358546

接下来，您需要实际使用它。你有dossierSortie=$(basename -s .fasta {})，但你从未真正使用过$dossierSortie。由于您使用的是parallel，它将替换{}每个输入文件名，因此您需要首先将其存储为 shell 变量，然后应用上面的替换：

parallel ... 'name="{}"; dossierSortie="${name%%_*}"

所以，这应该做你想要的：

time parallel 'name={}; dossierSortie="${name%%_*}"; \
     singularity exec -B "$PWD" \
    /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl \
    -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so \
    -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 \
    -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv \
    -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv \
    -cas -def G --meta \
    -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result"${dossierSortie}" \
    -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}' ::: *_chrm.part*.fasta

或者，如果换行符让您感到困惑，请在一行中：

time parallel 'name={}; dossierSortie="${name%%_*}"; singularity exec -B "$PWD" /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv -cas -def G --meta -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result"${dossierSortie}" -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}' ::: *_chrm.part*.fasta

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