我在一个文件夹中有一组这样命名的文件：
AM11_BW415_R1.fastq.gz NAM13_BW968_R2.fastq.gz NAM17_AC_Barrie_R1.fastq.gz NAM3_PI648600_R2.fastq.gz NAM7_Glenlea_R1.fastq.gz PI648598_R2.fastq.gz
NAM11_BW415_R2.fastq.gz NAM13_Frontana_R1.fastq.gz NAM17_AC_Barrie_R2.fastq.gz NAM3_PI648842_R1.fastq.gz NAM7_Glenlea_R2.fastq.gz PI648611_R1.fastq.gz
NAM11_Reeder_R1.fastq.gz NAM13_Frontana_R2.fastq.gz NAM17_BW388_R1.fastq.gz NAM3_PI648842_R2.fastq.gz NAM7_Laura_R1.fastq.gz PI648611_R2.fastq.gz
NAM11_Reeder_R2.fastq.gz NAM14_BW874_R1.fastq.gz NAM17_BW388_R2.fastq.gz NAM4_PI613279_R1.fastq.gz NAM7_Laura_R2.fastq.gz PI648672_R1.fastq.gz
NAM11_Webill_R1.fastq.gz NAM14_BW874_R2.fastq.gz NAM17_RedFife_R1.fastq.gz NAM4_PI613279_R2.fastq.gz NAM7_Marquis_R1.fastq.gz PI648672_R2.fastq.gz
NAM11_Webill_R2.fastq.gz NAM14_Glenn_R1.fastq.gz NAM17_RedFife_R2.fastq.gz NAM4_PI613280_R1.fastq.gz NAM7_Marquis_R2.fastq.gz PI648724_R1.fastq.gz
NAM12_BW431_L002_R1.fastq.gz NAM14_Glenn_R2.fastq.gz NAM1_PI648517_R1.fastq.gz NAM4_PI613280_R2.fastq.gz NAM8_FL62R1_R1.fastq.gz PI648724_R2.fastq.gz
NAM12_BW431_L002_R2.fastq.gz NAM14_Unity_R1.fastq.gz NAM1_PI648517_R2.fastq.gz NAM4_PI648524_R1.fastq.gz NAM8_FL62R1_R2.fastq.gz PI648768_R1.fastq.gz
NAM12_BW431_L008_R1.fastq.gz NAM14_Unity_R2.fastq.gz NAM1_PI648519_R1.fastq.gz NAM4_PI648524_R2.fastq.gz NAM8_Muchmore_R1.fastq.gz PI648768_R2.fastq.gz
NAM12_BW431_L008_R2.fastq.gz NAM15_BW881_R1.fastq.gz NAM1_PI648519_R2.fastq.gz NAM5_PI648523_R1.fastq.gz NAM8_Muchmore_R2.fastq.gz PI648860_R1.fastq.gz
NAM12_Penhold_L002_R1.fastq.gz NAM15_BW881_R2.fastq.gz NAM1_PI648541_R1.fastq.gz NAM5_PI648523_R2.fastq.gz NAM8_Stettler_R1.fastq.gz PI648860_R2.fastq.gz
NAM12_Penhold_L002_R2.fastq.gz NAM15_Lillian_R1.fastq.gz NAM1_PI648541_R2.fastq.gz NAM5_PI648585_R1.fastq.gz NAM8_Stettler_R2.fastq.gz PI648862_R1.fastq.gz
NAM12_Penhold_L008_R1.fastq.gz NAM15_Lillian_R2.fastq.gz NAM2_PI648493_R1.fastq.gz NAM5_PI648585_R2.fastq.gz PI277012_R1.fastq.gz PI648862_R2.fastq.gz
NAM12_Penhold_L008_R2.fastq.gz NAM15_PT245_R1.fastq.gz NAM2_PI648493_R2.fastq.gz NAM5_PI648622_R1.fastq.gz PI277012_R2.fastq.gz PI648864_R1.fastq.gz
NAM12_Sumai3_L002_R1.fastq.gz NAM15_PT245_R2.fastq.gz NAM2_PI648602_R1.fastq.gz NAM5_PI648622_R2.fastq.gz PI648478_R1.fastq.gz PI648864_R2.fastq.gz
NAM12_Sumai3_L002_R2.fastq.gz NAM16_BA51B92_R1.fastq.gz NAM2_PI648602_R2.fastq.gz NAM6_Neepawa_R1.fastq.gz PI648478_R2.fastq.gz run_701_150904_7001410_0194_BC79VNANXX_NAM.list
NAM12_Sumai3_L008_R1.fastq.gz NAM16_BA51B92_R2.fastq.gz NAM2_PI648609_R1.fastq.gz NAM6_Neepawa_R2.fastq.gz PI648487_R1.fastq.gz run_760_160912_7001343F_0065_AC9EV0ANXX_NAM.list
NAM12_Sumai3_L008_R2.fastq.gz NAM16_BW928_R1.fastq.gz NAM2_PI648609_R2.fastq.gz NAM6_PI648532_R1.fastq.gz PI648487_R2.fastq.gz
NAM13_BW462_R1.fastq.gz NAM16_BW928_R2.fastq.gz NAM3_PI648511_R1.fastq.gz NAM6_PI648532_R2.fastq.gz PI648566_R1.fastq.gz
NAM13_BW462_R2.fastq.gz NAM16_BW963_R1.fastq.gz NAM3_PI648511_R2.fastq.gz NAM6_Thatcher_R1.fastq.gz PI648566_R2.fastq.gz
NAM13_BW968_R1.fastq.gz NAM16_BW963_R2.fastq.gz NAM3_PI648600_R1.fastq.gz NAM6_Thatcher_R2.fastq.gz PI648598_R1.fastq.gz
所以我想做 for 循环或单个 for 循环，它能够获取两个类似命名的文件，例如 NAM11_Reeder_R1.fastq.gz，然后按以下方式将它们作为该文件夹外部脚本的参数提交：
scripts/PipelineHaplo.sh raw/NAM13_BW968_R1.fastq.gz raw/NAM13_BW968_R2.fastq.gz 2 &
2 指定读取的深度，但为了简单起见，我们可以说这是一个恒定且不同的参数，我几乎可以对其进行硬编码。
然后我希望它获取接下来的两个参数（原始文件）R1 和 R2 并执行相同的操作。那么，如果脚本没有在不正确的文件夹上应用参数，我该如何做到这一点呢？基本上所有这些都在一个主文件夹中，其中的文件夹是： 原始文件 脚本 一大组基本为空的目录，称为cases{001...008}，其中包含子目录
这就是我希望脚本工作的地方，所以脚本首先基本上首先将 R1 和 R2 移动到一个名为 raw 的文件夹，而在 raw 上，下一个脚本将控制该文件夹并完成其工作。
这个循环将两个两个文件命名为相似的文件，会是什么样子？
答案1
使用 GNU Parallel 时，它看起来像这样：
parallel scripts/PipelineHaplo.sh {} '{=s/_R1/_R2/=}' 2 ::: raw/*R1.fastq.gz