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为什么它不起作用

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为什么它不起作用

我有超过 100 个文件，名称如下

x.assembled.forward.fastq.gz
x(n).unassembled.reverse.fastq.gz

问题是我正在使用的管道不接受文件名中的“点”，我必须将它们全部更改为_这样

x_assembled_forward.fastq.gz
x(n)_unassembled_reverse.fastq.gz

我认为使用简单的命令是可能的：

mv *.assembled.*.fast.gz  *_assembled_*.fastq.gz

.... 显然不是！ ：D

我怎样才能做到这一点？

答案1

如果你已经perl-rename安装了（rename在Debian、Ubuntu和其他Debian衍生系统上调用），你可以这样做：

rename -n 's/\./_/g; s/_fastq_gz/.fastq.gz/' *fastq.gz

首先将全部替换.为_，然后将最后一个替换_fastq_gz为.fastq.gz。

这-n导致它只打印它要做的更改，而不实际重命名文件。一旦您确定这符合您的要求，请删除-n以实际重命名它们：

rename  's/\./_/g; s/_fastq_gz/.fastq.gz/' *fastq.gz

答案2

mv要么获取单个文件并移动或重命名它，要么获取多个文件或目录并将它们移动到一个目录。您无法使用mv.

反而：

for name in *.*.fasta.gz; do
    newname=${name%.fasta.gz}         # remove filename suffix
    newname=${newname//./_}.fasta.gz  # replace dots with underscores and add suffix

    mv -i -- "$name" "$newname"
done

这将迭代当前目录中的所有压缩 fasta 文件，除了文件名后缀之外，名称中的其他位置至少包含一个点。它将删除已知的文件名后缀（不应将点替换为下划线），然后将剩余位中的所有点替换为下划线，并重新附加后缀。

最终的替换将在bashshell 中起作用，但如果在/bin/sh.

mv -i然后用于重命名文件（如果新名称已存在，将要求确认）。双破折号 ( --) 只是在任何名称以破折号开头的情况下使用（这些名称可能会被视为选项集，mv并且双破折号可以防止这种情况发生）。

答案3

为什么它不起作用

*在命令运行之前，由 shell 展开。它匹配现有文件。mv没有模式匹配能力。

解决方案

mmv

该命令的工作方式与您尝试执行的方式最相似。它不像 那样强大rename，但更简单。

例如mmv '*.assembled.*.fastq.gz' '#1_assembled_#2fastq.gz'

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