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awk 根据变量匹配提取文件中的一个特定模式

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awk 根据变量匹配提取文件中的一个特定模式

下面awk，我尝试RSTRING根据$VCF在 中找到另一个变量的值的位置来提取 的值file。 的值$VCF已被提取，并且RSTRING当前是所有以 开头的行R_2019。我试图获取的是RSTRING根据$VCF找到的位置设置的。谢谢 :)。

文件

xxx_0000 19-0004-La-Fi
xxx_0001 19-0005-Last-Firs
xxx_0003 19-0008-LastN-FirstN
xxx_0005 190320-Control
R_2019_00_00_xxxx-000-v5.6_xxxxx

xxx_0007 19-0000-LastName-FirstName
xxx_0009 19-0001-Las-Fir
xxx_0011 190319-Control
R_2019_00_00_xxxx-00-v5.6_xxxxx

如果$VCF=19-0008-LastN-FirstN

期望

RSTRING=R_2019_00_00_xxxx-000-v5.6_xxxxx

如果$VCF=19-0008-Las-Fir

期望

RSTRING=R_2019_00_00_xxxx-00-v5.6_xxxxx

awk

awk -v ref="$VCF" 'match($0, ref) {print "$RSTRING"}' file

答案1

两个选项：

  1. 逐行读取文件，找到 VCF 后设置一个布尔标志，然后打印下一个字符串：

    awk -v ref="$VCF" '
    $0 ~ ref {have_vcf = 1}
    have_vcf && /^R_2019/ {print; have_vcf = 0}
' file

  2. 按段落读取文件。如果当前记录包含 VCF，则打印记录的最后一个字段：

    awk -F '\n' -v RS="" -v ref="$VCF" '$0 ~ ref {print $NF}' file

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