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在外部硬盘上的文件上运行 Ubuntu 终端命令时出现问题

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在外部硬盘上的文件上运行 Ubuntu 终端命令时出现问题

我在 Ubuntu 终端中循环命令处理外部硬盘上的文件时遇到了困难。当我将文件子集移动到主磁盘并相应地调整路径时，它工作正常。此外，更简单的命令（即 ls）在外部硬盘上也能正常工作。这是我的命令：

for i in /media/ij/EXT/RNA\ seq\ data\ 2018\ Genewiz/DJ1807193/DJ1807193/*.fastq.gz;
 do java -jar ~/RNAseq/trimmomatic-0.36.jar SE 
-phred33 $i /media/ij/EXT/trimmed/${i##*/} ILLUMINACLIP:TruSeq3-SE.fa:2:30:10; done

（为方便阅读添加了返回）

如果有帮助的话，外部驱动器将以 ntfs 格式格式化 - 从我读过的内容来看，这应该没有什么区别。感谢您提供的任何帮助/建议，并让我知道还有哪些信息可能对您有所帮助。

答案1

您应该养成引用文件名的习惯（这里尤其必要，因为您的外部目录名有大量空格）：

for i in /media/ij/EXT/RNA\ seq\ data\ 2018\ Genewiz/DJ1807193/DJ1807193/*.fastq.gz;
do 
                                                       #this#  # and that, too"                       
    java -jar ~/RNAseq/trimmomatic-0.36.jar SE -phred33 "$i"   "/media/ij/EXT/trimmed/${i##*/}" ILLUMINACLIP:TruSeq3-SE.fa:2:30:10; 
done

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