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rpy2 安装会覆盖 R_HOME 并破坏 RStudio

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rpy2 安装会覆盖 R_HOME 并破坏 RStudio

我最近通过 pip: 安装了 rpy2 $ pip install rpy2，以便在 python 内部使用 R。这很有效，我可以在 python 中使用它，但它似乎覆盖了我所有的 R 环境变量，现在我不能再使用 RStudio 了。它只给我留下了一个 chrome 启动屏幕，告诉我：

无法访问此站点 127.0.0.1 拒绝连接。请尝试：

检查连接检查代理和防火墙 ERR_CONNECTION_REFUSED

当我通过终端启动 RStudio 时我得到"Uncaught TypeError: Cannot read property 'notifyRCrashed' of undefined"

当我运行时rstudio --run-diagnostics它返回

Using R script: /home/nhoeche/anaconda3/bin/R

Attempting to launch R session...
  R_HOME=/home/nhoeche/anaconda3/lib/R
  R_DOC_DIR=/home/nhoeche/anaconda3/lib/R/doc
  R_INCLUDE_DIR=/home/nhoeche/anaconda3/lib/R/include
  R_SHARE_DIR=/home/nhoeche/anaconda3/lib/R/share
  LD_LIBRARY_PATH=/home/nhoeche/anaconda3/lib/R/lib:
  PATH=/home/nhoeche/anaconda3/bin:/home/nhoeche/anaconda3/condabin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/bin:/sbin:/home/nhoeche/.local/bin:/home/nhoeche/bin
  HOME=/home/nhoeche

R session launched, attempting to connect on port 9681...
/usr/lib/rstudio/bin/rsession: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/nhoeche/anaconda3/lib/R/lib/../../libicuuc.so.58)
/usr/lib/rstudio/bin/rsession: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by /home/nhoeche/anaconda3/lib/R/lib/../../libicuuc.so.58)
/usr/lib/rstudio/bin/rsession: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/nhoeche/anaconda3/lib/R/lib/../../libicui18n.so.58)
/usr/lib/rstudio/bin/rsession: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by /home/nhoeche/anaconda3/lib/R/lib/../../libicui18n.so.58)

Connected to R session, attempting to initialize...

该路径/home/nhoeche/anaconda3/bin/R肯定是指我的 Python R 安装，而不是我的“正常”安装。我如何才能检索我的正常安装位置并重置所有路径？

我已经尝试重新安装 R 和 RStudio，并且尝试删除/移动.rstudio-desktop等等RData......

我的操作系统是CentOS 7。

答案1

因此，问题源于我的“正常”路径之前的 anaconda 路径。$ echo $PATH给了我

/home/nhoeche/anaconda3/bin:/home/nhoeche/anaconda3/condabin:/usr/bin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/bin:/sbin:/home/nhoeche/.local/bin:/home/nhoeche/bin

rpy2安装r-base在 anaconda 中，这就是为什么我的系统将 python-R 安装作为默认安装。这就是为什么删除rpy2或rstudio or R did nothing, becauser-base` 仍然在 anaconda 中。

我卸载了anaconda 并解决了这个问题。我还指定了rpy2以确保万无一失。现在它又可以正常工作了。r-baseexport RSTUDIO_WHICH_R=/usr/bin/R.profile

我读到，如果您rpy2通过pip而不是通过安装conda，则可以让它指向您的“默认”r 安装，而不是在anaconda内部再次安装它。

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