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在 Mac Mojave 上安装 biopython

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在 Mac Mojave 上安装 biopython

我最近安装了 Mojave 并更新到 Python 3.7。然后我无法再导入 Bio ( biopython )，因此我尝试重新安装。

从头开始重建 biopython 1.73 后，使用 python3 setup.py build，然后测试，然后安装，如果我的工作目录是 biopython 构建目录，我现在可以导入 Bio。在该目录之外，我收到未找到模块“Bio”的错误。

有什么建议吗？

答案1

对我有用的是：

首先卸载所有 biopython 的痕迹

在终端中：

  • pip 卸载 biopython
  • pip3 卸载 biopython
  • pip3.X 卸载 biopython

注意：如果你的 python3.7 是 pip3.7，那么 python3.7.6 仍然是 pip3.7

然后在终端中查看你使用的是哪个 python：

  • 哪个python
  • 哪个python3

那么，主要流程是：

  1. 手动下载biopython-1.74.tar.gz 16Mb – 源码压缩包来自https://biopython.org/wiki/下载

  2. 解压/解压缩/tar biopython-1.74.tar.gz

  3. 在终端中将目录更改为 biopython-1.74 并：

    • python setup.py 构建
    • python setup.py 测试
    • sudo python setup.py 安装

或者

  • python3 setup.py 构建
  • python3 setup.py 测试
  • sudo ython3 setup.py 安装

或者

  • python3.X setup.py 构建
  • python3.X setup.py 测试
  • sudo python3.X setup.py 安装

完毕！https://pypi.org/project/biopython/

答案2

我已经通过卸载 biopython 并重新安装修复了安装。似乎需要卸载 2 次才能清理干净。

python3 -m pip 卸载 biopython

卸载 biopython-1.73：将删除：/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/lib/python3.7/site-packages/Bio /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/lib/python3.7/site-packages/BioSQL /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/lib/python3.7/site-packages/biopython-1.73-py3.7.egg-info 是否继续 (y/n)？y 已成功卸载 biopython-1.73

python3 -m pip 卸载 biopython

卸载 biopython-1.73：将删除：/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/lib/python3.7/site-packages/biopython-1.73.dist-info/* 是否继续 (y/n)？y 已成功卸载 biopython-1.73

python3 -m pip 卸载 numpy

卸载 numpy-1.16.3：将删除：/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/bin/f2py /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/bin/f2py3 /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/bin/f2py3.7 /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/lib/python3.7/site-packages/numpy-1.16.3.dist-info/* /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/lib/python3.7/site-packages/numpy/* 是否继续 (y/n)？y 已成功卸载 numpy-1.16.3

python3-m pip 安装 numpy

收集 numpy 使用缓存https://files.pythonhosted.org/packages/43/6e/71a3af8680a159a141fab5b4d19988111a09c02ffbfdeb42175cca0fa341/numpy-1.16.3-cp37-cp37m-macosx_10_6_intel.macosx_10_9_intel.macosx_10_9_x86_64.macosx_10_10_intel.macosx_10_10_x86_64.whl 安装收集的软件包：numpy 成功安装 numpy-1.16.3

python3 -m pip 安装 biopython

使用缓存收集 biopythonhttps://files.pythonhosted.org/packages/f0/6f/388e730f61ca76dbc89885e102d6105124151c3291e8ac0a08be51410afd/biopython-1.73-cp37-cp37m-macosx_10_6_intel.macosx_10_9_intel.macosx_10_9_x86_64.macosx_10_10_intel.macosx_10_10_x86_64.whl 已满足要求：/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/lib/python3.7/site-packages 中的 numpy（来自 biopython）（1.16.3）正在安装收集的软件包：biopython 已成功安装 biopython-1.73

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