据我所知,mysql 与 Python 3 不兼容。我在 Google 上尝试了几种方法来降级我的 Python 版本,比如运行
conda install python=2.7.12
但这不起作用。我特别需要使用 mySQL,因为我正在尝试运行 RepeatModeler(生物信息学工具)来分析一些基因组数据。有人能帮忙吗?我一直在尝试解决这个问题。谢谢!
答案1
你不知道。
Python 2 和 3 实际上是不同的语言/运行时
如果你调用 python,它就是 python2,如果你需要 python 3,它就是 python 3。
以 ubuntu 18.04 为例
直接调用 python 会给你
geek@heckate_router:~$ python
Python 2.7.15+ (default, Jul 9 2019, 16:51:35)
[GCC 7.4.0] on linux2
而 python3
给你
geek@heckate_router:~$ python3
Python 3.6.8 (default, Aug 20 2019, 17:12:48)
[GCC 8.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
基本上 Python 2 和 Python 3 可以共存。除非你需要一个特定的版本,在这种情况下你可能需要类似 virtualenv 的东西。设置它有点超出了我的回答范围
至于mysql
安装 mysql 服务器元包会安装以下包
The following additional packages will be installed:
libcgi-fast-perl libcgi-pm-perl libevent-core-2.1-6 libfcgi-perl
libhtml-template-perl mysql-client-5.7 mysql-client-core-5.7
mysql-server-5.7 mysql-server-core-5.7
它根本不需要 Python。mysql 似乎有 Python 和 Python 3 库……但是看看repeatmodeler 的 github 页面,它似乎基于 perl,而不需要 python 先决条件。
实际上你以错误的方式看待这个问题。
有趣的是,github 页面上写着
警告:目前有 bioconda 和 docker 软件包声称具有可运行的 RepeatModeler 软件包。但均无法正常工作。目前,我们建议按照以下说明安装此程序。
因此问题可能出在其他地方 - 可能是您正在使用的 anaconda repo。