bash 使用与另一个文件的部分匹配来重命名目录中的文件

Question

在下面，我尝试data根据子目录中IonCode_0000_每个文件对data与$1in的部分匹配，在特定运行中重命名每个子文件夹中的内容f1。将有多个运行，f1但每个运行$uniq都是唯一的，并且可以在f1和 中找到重命名值$2。下面的代码对我认为发生的事情进行了评论。谢谢 ：）。

set -x到目前为止都很好，Rename from:IonCode_0404 to:00-0000-xxx-xxx-xxx IonCode_0402 11-1111-yy-yy-yyy但我不确定为什么会这样或如何解决它。我对这篇长篇文章表示歉意，我只是想包含所有细节，因为我无法解决这个问题。谢谢 ：）。

数据内容 --- 这些是要重命名的文件对 ----

IonCode_0402_xxx_xxx_xxx.bam
IonCode_0402_xxx_xxx_xxx.bam.bai
IonCode_0404_xxx_xxx_xxx.bam
IonCode_0404_xxx_xxx_xxx.bam.bai

f1 --- 这是重命名部分匹配的文件来自 ---

IonCode_0404 00-0000-xxx-xxx-xxx
IonCode_0402 11-1111-yy-yy-yyy
R_2019_00_00_00_00_00_xxxx_xx1-127-xxx_xxx_xxx_xxx_xx_xx_xx

IonCode_0402 22-2222-zz-zzzz-zzz
R_2019_00_00_00_00_00_xxxx_xx1-126-xxx_xxx_xxx_xxx_xx_xx_xx

重命名后的当前 dara --- 只有一对用来自的两个值重命名f1

IonCode_0402_xxx.xxx_xxx.bam
IonCode_0402_xxx.xxx_xxx.bam.bai
00-0000-xxx-xxx-xxx IonCode_0402 11-1111-yy-yy-yyy_test.bam.bam
00-0000-xxx-xxx-xxx IonCode_0402 11-1111-yy-yy-yyy_test.bam.bam.bai

重命名后所需的数据

11-1111-yy-yy-yyy_test.bam
11-1111-yy-yy-yyy_test.bam.bai
00-0000-xxx-xxx-xxx_test.bam
00-0000-xxx-xxx-xxx_test.bam.bai

巴什

set -x
dir=$1
for f in "$dir" ; do  ## operate on desired directory
  uniq=${dir##*/}  ## store run with no path as uniq
while read from to  ## start loop using from to
do
 (
   cd "$dir"/data  ## change directory to subfolder $from
   echo "Rename from:$from to:$to"  ## echo files
   for file in *.bam* 
   do
      newname=${file/$from*.bam/${to}_test.bam} ## rename adding text
      [ -f "$file" ] && [ "$newname" != "$file" ] && mv "$file" "$newname"  ## if names in uniq change file name
   done
 )
done <<<$(
   awk -F '\n' -v RS="" -v ref="$uniq" ' ## filter to this run in uniq
     $0 ~ ref {
         d=split($0, val); ## split on newline and space
         for(i=1;i<d;i++) print val[i];
      }' "$dir"/f1  
)  ## loop through f1 for unique run and populate from and to
done