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将 File1 的列与文件 2 的列匹配并使用 awk 将它们打印在文件中

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将 File1 的列与文件 2 的列匹配并使用 awk 将它们打印在文件中

我是 awk 的新手，尝试比较 file1 和 file 2 之间的“：”分隔的列 1（例如，chr10）和 2（例如，10000003）；并使用 awk 将匹配的行写入新文件中。

文件一：

chr10:10000003
chr10:10000005
chr10:10000015
chr10:10000017
chr10:100000202
chr10:10000033
chr10:100000380
chr10:10000043
chr10:100000465
chr10:10000052

文件2：

chr1:1806476:T/C:-2.12680332451125 0.835119313863368\
chr1:1806503:空调:-1.56871277809939 0.764924263070418\
chr10:10000003:C/T:-0.572267893158369 0.607055146639116\
chr1:1825420:C/T: 1.70588504817348 0.22407517592607\
chr1:2019496:G/C: 2.34709890656509 0.147215274051584\
chr1:2019501:C/T:-2.06157612494769 0.82769600171016\
chr10:100000202:C/A: 0.808838763489275 0.362093542746135\
chr1:2028192:G/A:-0.164564659049733 0.534780784989026\
chr1:2029672:C/A:-1.31298871130864 0.727940863740118\
chr1:2228889:C/G:-1.570481759004 0.765170049967457\
chr10:100000465:C/T:-0.701703282910107 0.629368417133545\
chr1:2306256:C/T:-1.72965371800758 0.786695642291442\

预期输出：文件 2 中的匹配行，格式与文件 2 相同（见上文）

chr10:10000003:C/T:-0.572267893158369 0.607055146639116\
chr10:100000202:C/A: 0.808838763489275 0.362093542746135\
chr10:100000465:C/T:-0.701703282910107 0.629368417133545\

到目前为止尝试过的命令：

awk -F":\r" 'NR==FNR{a[$1$2]++;next}{if(a 中的 $1$2){print}}' file1.txt file2.txt > output.txt

awk -F":\r" 'NR==FNR{a[($1$2)]++;next}{if(($1$2) in a){print}}' file1.txt file2.txt > 输出。 TXT

观察到的错误是空白输出.txt

你能帮我指出错误吗？

提前致谢！

答案1

您可以使用以下命令如有任何疑问请告诉我

awk 'NR==FNR{a[$1];next}($1 in a){print $0}'  file1 file2

答案2

这才是你真正需要的：

$ awk -F':' 'NR==FNR{a[$1,$2]; next} ($1,$2) in a' file1 file2
chr10:10000003:C/T: -0.572267893158369  0.607055146639116\
chr10:100000202:C/A:    0.808838763489275   0.362093542746135\
chr10:100000465:C/T:    -0.701703282910107  0.629368417133545\

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