一个非常复杂的循环。有人能帮我吗？

Question 1

如果我理解你的规范 - 不太清楚不一致 - 正确，你需要两个循环

a) 找到主 .pdb 文件，并且

b) 相关的袖珍文件。

创建（并覆盖旧版本）文件后output.txt，使用awk将所需字段提取到结果文件中。在cded int dir后ALL，尝试

for FN1 in *.pdb                                                                # loop across all .pdb files
  do    PN="${FN1##*/}"
        PN="${PN%.pdb}"                                                         # construct subdir name
        for FN2 in "${PN/_/.}"/*.pdb                                            # 2nd loop across .pdb files in subdir
          do    "....." -ps -i "$FN1" -gl "$FN2" -o output.txt                  # create output.txt in parent dir
                awk -F: 'FNR == 2  ||                                           # extract desired fields
                         /^AAAAA/  ||
                         /^BBBBB/       {sub (/^ */, "", $2)
                                         printf "%20s%s", $2, /^BBBB/?"\n":""
                                        }
                        ' output.txt >> SUMMARY_ALL.txt                         # and append to result file
          done
  done

对结果文件的修饰性更正（如打印标题、行格式）留给读者。

Answer

如果我理解你的规范 - 不太清楚不一致 - 正确，你需要两个循环

a) 找到主 .pdb 文件，并且

b) 相关的袖珍文件。

创建（并覆盖旧版本）文件后output.txt，使用awk将所需字段提取到结果文件中。在cded int dir后ALL，尝试

for FN1 in *.pdb                                                                # loop across all .pdb files
  do    PN="${FN1##*/}"
        PN="${PN%.pdb}"                                                         # construct subdir name
        for FN2 in "${PN/_/.}"/*.pdb                                            # 2nd loop across .pdb files in subdir
          do    "....." -ps -i "$FN1" -gl "$FN2" -o output.txt                  # create output.txt in parent dir
                awk -F: 'FNR == 2  ||                                           # extract desired fields
                         /^AAAAA/  ||
                         /^BBBBB/       {sub (/^ */, "", $2)
                                         printf "%20s%s", $2, /^BBBB/?"\n":""
                                        }
                        ' output.txt >> SUMMARY_ALL.txt                         # and append to result file
          done
  done

对结果文件的修饰性更正（如打印标题、行格式）留给读者。

Question 2

解决这个问题的想法是

cd到基本目录home/Desktop/Work
循环所有目录????_?（循环变量dir）
- 如果有匹配的文件$dir.pdb
  - cd进入目录$dir
  - 循环所有Pocket_*_$dir.pdb
    - 运行命令处理数据并创建相应的输出文件
    - 如果成功将数据从输出文件提取到标准输出
  - 如果需要cd返回父目录
将此循环的输出（即所有提取的数据）放入ALL_SUMMARY.txt

cd home/Desktop/Work
# edit: remove old summary file because now the script will append to it
rm SUMMARY_ALL.txt
for dir in ????_?
do
    if [ -f "$dir/$dir.pdb" ]
    then
        cd "$dir"
        for pocket in Pocket_*_"$dir.pdb"
        do
            out="${pocket%.pdb}_OUTPUT.txt"
            # edit: if the command '....' prints output this will end up in the summary file
            # '....' -ps -i "$dir.pdb" -gl "$pocket" -o "$out" && awk '/Pocket File:/ {pocket=$NF} /AAAAAAAAAAAAAAAAAA:/ {aaa1=$(NF-1);aaa2=$NF} /BBBBBBBBBBBBB:/ {bbb=$NF} END {print pocket,aaa1,aaa2,bbb}' "$out"
            '....' -ps -i "$dir.pdb" -gl "$pocket" -o "$out" && awk '/Pocket File:/ {pocket=$NF} /AAAAAAAAAAAAAAAAAA:/ {aaa1=$(NF-1);aaa2=$NF} /BBBBBBBBBBBBB:/ {bbb=$NF} END {print pocket,aaa1,aaa2,bbb}' "$out" >> ../SUMMARY_ALL.txt
        done
        cd ..
    fi
# edit: avoid putting other output into summanry file
# done > SUMMARY_ALL.txt
done

笔记：

该代码未经测试。

我假设生成输出文件的命令在成功时以状态 0 退出，在错误时以 !=0 退出，以便&&在此命令和awk提取数据的命令之间使用。

该awk命令仅适合处理单个文件。（这里就是这样使用的。）如果您想在一次运行中处理所有输出文件，则需要更改脚本。

Answer