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意外标记附近的语法错误（'

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意外标记附近的语法错误（'

请有人检查我的代码以了解为什么我会得到

意外标记附近有语法错误('

我已经运行过这段代码几次但都得到同样的错误

#!/bin/bash
vcf_file_dir="/10/"
project_output_path="$(pwd)"
my_samples_list=("1002793")  # Add your actual sample IDs

for sample_id in "${my_samples_list[@]}"; do

    # Print the sample you're retrieving data for
    echo "Retrieving file for sample: ${sample_id}"

    # Create a command to get the VCF header and save it to header.txt
    my_command="bcftools view -h ${vcf_file_dir}/${sample_id}_file.vcf > header.txt"

    # Launch the job with needed input files and command
    dx run swiss-army-knife \
        -iin="${vcf_file_dir}/${sample_id}_.vcf.gz" \
        -iin="${vcf_file_dir}/${sample_id}_.vcf.gz.tbi" \
        -icmd="${my_command}" \
        --tag "my_job_name_${sample_id}" \
        --instance-type "mem2_ssd1_v2_x64" \
        --destination="${project_output_path}" \
        --priority high \
        --yes \

done

答案1

我不知道该怎么dx run swiss-army-knife做，但是你传递了-icmd="${my_command}"，其中${my_command}扩展为字符串，其中已经扩展${vcf_file_dir}了。其中包含了(VCFs)更多内容。

从您尝试传递的内容来看-icmd=，我推断它应该是 shell 代码，就像某些东西sh -c会接受一样。如果是这样，您需要在代码中嵌入必要的引号来构建它。

具体来说，您要传递的是：

bcftools view -h mnt/project/Bulk/DRAGEN WGS/Whole genome variant call files (VCFs) (DRAGEN) [500k release]/10//1002793_file.vcf > header.txt

有未加引号的空格，(VCFs)看起来(DRAGEN)像是意外位置的子 shell（这就是“意外标记(”的来源），并且[500k release]是文件名生成模式。正确加引号将修复此问题。Bash 可以为您加引号。

${parameter@operator}
扩展是参数值的变换或参数本身的信息，具体取决于 的值operator。每个operator都是一个字母：

[…]

Q
扩展是一个字符串，它是参数的值，以可重复用作输入的格式引用。

（来源）

“可以重复用作输入”，我认为这正是您想要做的。因此，在您构建的位置my_command，应该是：

my_command="bcftools view -h ${vcf_file_dir@Q}/${sample_id@Q}_file.vcf > header.txt"

现在如果你printf '%s\n' "$my_command"这样做的话，你会看到它是一个正确引用的 shell 代码。

@Q是 bash-4.4-alpha 中引入的功能。旧版本的 Bash 可以使用以下格式实现类似的%q效果printf：

my_command="bcftools view -h $(printf %q "$vcf_file_dir")/$(printf %q "$sample_id")_file.vcf > header.txt"

也许某些非常老版本的 Bash 包含printf无法识别的内置函数%q，我不知道。如果这是个问题，请尝试使用外部函数printf（如/usr/bin/printf）。只有当这不起作用时，才手动添加单引号。但请注意，只有当变量的值完全在您的控制之下并且它们不包含单引号时，这种简单的修复才是安全的：

# FLAWED in general
my_command="bcftools view -h '${vcf_file_dir}/${sample_id}_file.vcf' > header.txt"

看起来，所讨论的变量满足这些要求。但是，一般来说，如果恶意用户或程序可以影响任何变量，他们就可以注入任意 shell 代码（例如，$my_command如果 的内容$vcf_file_dir实际上是，则查看 的内容是什么'& rm -f important_file& '）。这是手动添加单引号的缺陷。即使在这种情况下，带有 的方法@Q和带有 的方法也printf %q应该是安全的。

附注：您的代码包含一个 shebang，但在注释中您承认您使用 运行代码。请注意，当您运行这样的脚本时，shebang 并不重要。如果您运行左右bash code.sh，shebang 就会很重要。./code.sh

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