☰

如何通过awk提取file1中与另一个file2中的模式匹配的所有行？

tag-icon • tag-icon bash awk
如何通过awk提取file1中与另一个file2中的模式匹配的所有行？

文件1：

chr1    11868   14409   ENST00000456328.2   0   +   11868   11868   0   3   359,109,1189,   0,744,1352,
chr1    12009   13670   ENST00000450305.2   0   +   12009   12009   0   6   48,49,85,78,154,218,    0,169,603,965,1211,1443,
chr1    14403   29570   ENST00000488147.1   0   -   14403   14403   0   11  98,34,152,159,198,136,137,147,99,154,37,    0,601,1392,2203,2454,2829,3202,3511,3864,10334,15130,
chr1    17368   17436   ENST00000619216.1   0   -   17368   17368   0   1   68, 0,
chr1    29553   31097   ENST00000473358.1   0   +   29553   29553   0   3   486,104,122,    0,1010,1422,
chr1    30266   31109   ENST00000469289.1   0   +   30266   30266   0   2   401,134,    0,709,
chr1    30365   30503   ENST00000607096.1   0   +   30365   30365   0   1   138,    0,
chr1    34553   36081   ENST00000417324.1   0   -   34553   34553   0   3   621,205,361,    0,723,1167,
chr1    35244   36073   ENST00000461467.1   0   -   35244   35244   0   2   237,353,    0,476,
chr1    52472   53312   ENST00000606857.1   0   +   52472   52472   0   1   840,    0,

文件2：

ENST00000456328
ENST00000450305

预期输出：

chr1    11868   14409   ENST00000456328.2   0   +   11868   11868   0   3   359,109,1189,   0,744,1352,
chr1    12009   13670   ENST00000450305.2   0   +   12009   12009   0   6   48,49,85,78,154,218,    0,169,603,965,1211,1443,

我更喜欢使用 awk 或其他一些 bash 程序。

答案1

正如评论中提到的，这是完美的：

grep -f file2 file1

如果您仍然喜欢使用awk:

awk 'FNR==NR { a[$1] = $1;next} { split($4,key,"."); if ( a[key[1]]){print}}' file2 file1

使用简单的 for 循环（与第一个 grep 相同）：

for match in $(<file2); do grep $match file1; done

相关内容