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将表中每一行的值集分别分配给 bash 中的命令

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将表中每一行的值集分别分配给 bash 中的命令

我有一个 txt 文件（input.txt），其中有 3 列，以 \t 分隔。

62M__29_length_73210_cov_19.6684    28981-31993    minus
61M__32_length_66572_cov_22.1672    22311-25323    minus
60M__65_length_73281_cov_15.6315    28978-31990    minus
59M__78_length_80030_cov_19.1814    28973-31985    minus
58M__28_length_80029_cov_24.2362    28972-31984    minus
57M__31_length_73253_cov_24.4297    41300-44312    plus
56M__32_length_73450_cov_26.6071    28975-31987    minus
55M__29_length_73232_cov_26.5615    41244-44256    plus
54M__38_length_66570_cov_23.8255    41307-44319    plus

我需要以这种方式使用每行的值运行命令：

blastdbcmd -db mydatabase -entry "row_1_column_1" -range "row_1_column_2" -strand "row_1_column_3" -out out.fa

例如，对于第 1 行，它将是：

blastdbcmd -db mydatabase -entry 62M__29_length_73210_cov_19.6684 -range 28981-31993 -strand minus -out out.fa

答案1

和bash：

while IFS=$'\t' read -r entry range strand; do
  blastdbcmd -db mydatabase -entry "$entry" -range "$range" -strand "$strand" -out out.fa
done <input.txt

逐行读取输入文件并将每行拆分为三个由制表符分隔的变量。然后使用这些变量运行命令。

答案2

cat 将输入文件添加到 xargs 并重新格式化为所需的命令行。然后，我们将命令行输入 bash 并将标准输出存储在 out.fa 日志文件中。

cat input.txt | xargs -r -l printf \
'blastdbcmd -db mydatabase -entry %s -range %s  -strand %s\n' | bash > out.fa

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