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2 个文件之间的 grep 并保留文件 1 的空行

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2 个文件之间的 grep 并保留文件 1 的空行

我有一个问题grep。

我有一个名为Uniprot_interactors.txt包含代码列表（例如GRT986E）的文件，有时在对象之间有一个或多个空行。

在其他一些情况下，我有一个由两部分组成的对象，这些部分被短破折号（例如TRY546 _ TRE578）分开，并且这些行必须被视为空。

之后，我有另一个Good_interactors.txt包含代码列表的文件，并且每个人都有一个关联的变量（es. aaaaaa）。我想output.txt从这些文件中获得输出 ( ) grep，但我想像第一个文件中那样将行保留为空。

一个例子：

  • 文件1：UNIPROT_interactors.txt

    QR846OI

PO3R56
UJ6Y68


YU654R

PL92WS
GH654Y _ HUY765R
PIHYUD

  • 文件2：GOOD_Interactors.txt

    TYRT68Y aaaaaaaaa
QR846OI bbbbbbbbb
FDR59I cccccccc
PO3R56 ddddddd
UJ6Y68 eeeeeee
VFR6y7 fffffff
PIHYUD gggggggg
UH7609 hhhhhhhh

  • 文件output.txt（与文件1格式相同）

    QR846OI bbbbbbbbb

PO3R56  ddddddd
UJ6Y68 eeeeeee


YU654R

PL92WS
GH654Y _ HUY765R
PIHYUD gggggggg

我尝试使用这段代码：

grep -f Uniprot_interactors.txt GOOD_interactors.txt > output.txt

但文件 1 的格式未保留，空行已被删除。

答案1

您不能grep在此处使用 ，因为 的目的grep是提取与特定正则表达式匹配的行（或在某些情况下，单词）。该grep实用程序不会修改数据，而这正是您想要做的（将数据添加到从一个文件到另一个文件的行）。

用于awk将好的交互器保存在关联数组 中，names并以 Uniprot 标识符作为键。然后根据第一列中的 Uniprot 标识符输出这些交互器（同时传递具有多个列或没有已知良好交互器不变的行）：

$ awk 'FNR==NR { names[$1] = $0; next } NF > 1 || !($1 in names) { print; next } { print names[$1] }' GOOD_Interactors.txt UNIPROT_interactors.txt
QR846OI bbbbbbbbb

PO3R56 ddddddd
UJ6Y68 eeeeeee


YU654R

PL92WS
GH654Y _ HUY765R
PIHYUD gggggggg

请注意，我们将这两个文件作为awk命令的输入。从第一个文件读取时，FNR==NR只会触发符合条件的块，而从第二个文件读取时，将跳过该块。

特殊变量FNR、NR和NF是从读取的记录（行）数当前的分别是文件中读取的记录数和当前记录中的字段（列）数。

答案2

循环读取 file1 行 ifempty echo it else grep 相应的数据并打印它

while read line ; do
    if ((${#line}));then
        grep "${line}" file2
    else
        echo
    fi
done < file1 > output.txt

或者

file2content="$(cat file2)";
while read line ; do
    if ((${#line}));then
        grep "${line}" <<< "${file2content}"
    else
        echo
    fi
done < file1 > output.txt

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