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如何用标准输入的输入替换部分文件名？

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如何用标准输入的输入替换部分文件名？

假设我有一个ids.txt包含多个条目的文件，例如

foo
bar
bam
...

例如。我想使用它作为输入来对文件名中包含 ids 的某些文件运行命令，例如foo_1.gz, foo_2.gz, bar_1.gz, bar_2.gz, ... 等等。

我尝试引用输入，{}因为我看到它与另一个命令一起使用，如下所示：

cat ids.txt | xargs my.command --input1 {}_1.gz --input2 {}_2.gz

但它总是给我这个错误：

{}_1.gz no such file or directory

有什么方法可以将输入视为cat字符串并自动将它们插入到输入文件名中吗my.command？

问题还在于my.command每次都需要两个输入文件，所以我不能只使用带有真实文件名的列表而不是ids.txt.

答案1

您需要使用-I此处的选项：

$ cat ids.txt | xargs -I{} echo my.command --input1 {}_1.gz --input2 {}_2.gz 
my.command --input1 foo_1.gz --input2 foo_2.gz
my.command --input1 bar_1.gz --input2 bar_2.gz
my.command --input1 bam_1.gz --input2 bam_2.gz

或者，使用 shell 循环：

while read id; do 
    my.command --input1 "${id}"_1.gz --input2 "${id}"_2.gz
done < ids.txt

这是假设您的 ID 没有空格或反斜杠。如果可以的话，请改用这个：

while IFS= read -r id; do 
    my.command --input1 "${id}"_1.gz --input2 "${id}"_2.gz
done < ids.txt

最后，您还可以使用每行包含两个文件名的列表：

$ cat ids.txt
foo_1.gz foo_2.gz
bar_1.gz bar_2.gz
bam_1.gz bam_2.gz

现在：

while read file1 file2; do
    my.command --input1 "$file1" --input2 "$file2"
done < ids.txt

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