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AWK 变量（引号中的 1）+ 条件

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AWK 变量（引号中的 1）+ 条件

我在网上看了很多awk -v a=$var1 ..'BEGIN{...帖子，但还是不行。

详细信息如下：

在终端中，我可以.gtf按预期对文件进行子集化。取自这里:

awk '{if($1=="chr22" && $4>21799011 && $5<21807847 && $3=="exon") print $0}' GRCh38.gtf

哪个按预期工作。

但是，当循环文件来执行此操作时，没有输出：

while read line; do

        # stage coordinates to pull gtf info
        chr_tmp=$(echo $line | awk '{print $1}')
        chr=$(echo $chr_tmp | sed 's/^/"/;s/$/"/') # echo prints "chr22"
        st=$(echo $line | awk '{print $2}')
        sp_tmp=$(echo $line | awk '{print $3}')
        sp=$(($sp_tmp + 1))
        name=$(echo $line | awk '{print $5}')
        
        awk -v chr="$chr" -v st="$st" -v sp="$sp" 'BEGIN {if($1==chr && $4>st && $5<sp && $3=="exon") print $0}' GRCh38.gtf > ${name}.gtf

done < circ.bed

这很奇怪，因为在 shell 中，当我手动分配变量时，awk 按预期打印它们：

barry@NUIG:~/Desktop/BED12$ echo $chr
"chr22"
barry@NUIG:~/Desktop/BED12$ echo $st
21799011
barry@NUIG:~/Desktop/BED12$ echo $sp
21807846
barry@NUIG:~/Desktop/BED12$ awk -v chr="$chr" -v st="$st" -v sp="$sp" 'BEGIN {print chr, st, sp}'
"chr22" 21799011 21807846

但在脚本之外也不起作用：

awk -v chr="$chr" -v st="$st" -v sp="$sp" 'BEGIN{if($1==chr && $4 > st && $5 < sp) print $0}' GRCh38.gtf

将它们放入 awk 命令中时没有输出。也许事实$1=="chr22"必须用引号引起来，那就是把 awk 扔掉？也尝试过不带双引号-v chr=$chr，删除BEGIN无济于事。

答案1

这是因为在 中awk，变量$1、$2等引用$1每个记录中检测到的字段（即第一个字段）的值。

BEGIN和代码块END分别在读入任何数据进行解析之前和之后运行。

在BEGIN代码块中，尚未读入任何数据，因此不会填充任何字段变量，因此所有相等性检查都将失败。

看看你的两个测试：

$ awk -v chr="$chr" -v st="$st" -v sp="$sp" 'BEGIN {print chr, st, sp}'
"chr22" 21799011 21807846

在这里，您将awk变量设置为等于 shell 变量，并打印这些值。一切都很好。

$ awk -v chr="$chr" -v st="$st" -v sp="$sp" 'BEGIN{if($1==chr && $4 > st && $5 < sp) print $0}' GRCh38.gtf

这里没有代码块在从文件中读取的数据上运行 -它只是在读入任何数据之前与块.gtf中的字段进行比较。BEGIN

您可能想要这样做：

$ awk -v chr="$chr" -v st="$st" -v sp="$sp" '{if($1==chr && $4 > st && $5 < sp) print $0}' GRCh38.gtf

这将为文件中的每一行运行检查并打印数据，因为检查和print语句不再位于BEGIN块中。

我还将检查拉到运行块之外，并使其仅在检查有效时才处理（在本例中为打印）该行：

$ awk -v chr="$chr" -v st="$st" -v sp="$sp" '$1==chr && $4 > st && $5 < sp {print $0}' GRCh38.gtf

答案2

谢谢大家的回复。抱歉，我的代表权太低，无法为大家投票。

awk -v chr="$chr" -v st="$st" -v sp="$sp" '$1==chr && $4 > st && $5 < sp {print $0}' GRCh38.gtf

&

awk -v chr="$chr" -v st="$st" -v sp="$sp" '{if($1==chr && $4 > st && $5 < sp) print $0}' GRCh38.gtf

工作了。

BEGIN我在脚本中的错误（以及使用）是认为 awk 想要将chr变量放在引号中，因为在终端中，此行有效：

awk '{if($1=="chr22" && $4>21799011 && $5<21807847 && $3=="exon") print $0}' GRCh38.gtf

这一个不：

awk '{if($1==chr22 && $4>21799011 && $5<21807847 && $3=="exon") print $0}' GRCh38.gtf

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