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mpirun 无法识别 $PATH 中的程序

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mpirun 无法识别 $PATH 中的程序

不知何故mpirun未能承认我的$PATH。PyroDist我在 中的程序$PATH有效：

$ PyroDist
Can't find asked option -in
PyroDist - pairwise distance matrix from flowgrams
-in     string            flow file name
-out    stub              out file stub
Options:
-ni                       no index in dat file
-rin    string            lookup file name

mpirun并且使用完整路径运行它也可以：

$ mpirun -np 4 ../bin/PyroDist -in C005.dat -out foo
0: Read data
0: Broadcast data
0: Broadcast flows
nN=2094 nM=360 nSize=753840

但这失败了：

$ mpirun -np 4 PyroDist
Missing: program name
Program PyroDist either does not exist, is not 
executable, or is an erroneous argument to mpirun.

由于我将使用一组复杂的工作流程，因此使用完整路径是不可行的。有任何想法吗？

（Linux 2.6.32 上的 openmpi 1.2.7）

答案1

mpirun可能使用execv()调用来运行程序而不是调用execvp()（它将在 中搜索它PATH）。

第一个解决方法：要求 shell 自行查找命令：

mpirun -np 4 $(which PyroDist) -in C005.dat -out foo

否则：我能想到的两个（不太好的）解决方法：

  1. /usr/bin/env与 argument 一起使用PyroDist，但这要求mpirun允许以某种方式随程序传递参数。

  2. 编写您自己的包装器，例如：

    #!/bin/sh
PyroDist

    并将其放置在具有“固定”相对路径的地方。

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