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根据公共列合并两个文件，并将 0 添加到文件 2 中不存在的文件中

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根据公共列合并两个文件，并将 0 添加到文件 2 中不存在的文件中

我想合并两个文件，它们共享一些共同的数据。文件 1 包含的内容多于文件 2。我想按照文件 1 的顺序根据文件的共享列合并文件，并且当文件 2 中不存在该变量时，我想将 0 添加到第 5 列 (AN1)。

我的文件如下所示：文件 1

CHR BP  SNP CM  base
20  61098   rs6078030   -0.00024510777  1
20  61795   rs4814683   0   1
20  63231   rs6076506   0.0005026053    1
20  63244   rs6139074   0.00050714752   1

文件2

CHR BP  SNP CM  AN1
20 9836704 rs221007 0 1
20 9817032 rs221011 0 1
20 9764069 rs2206484 0 1
20 9639395 rs4816159 0 1

我想根据第 3 列 (SNP) 来匹配它们。我想暂时保留所有其他列。

我想要的输出如下所示（当 rsX 不存在时为 0）：

文件3

CHR BP  SNP CM  base AN1
20  61098   rs6078030   -0.00024510777  1   1
20  61795   rs4814683   0   1   1
20  63231   rs6076506   0.0005026053    1   1
20  63244   rs6139074   0.00050714752   1   1

我认为我需要不止 1 步才能做到这一点。我尝试使用 awk 来执行第一步，但它只创建空文件。

awk -F' ' 'NR==FNR{e[$1$2]=1;next};e[$1$2]' file1 file 2 > file 3
awk -F' ' 'NR==FNR{e[$1$2]=1;next};e[1$2]' file2 file 1 > file 3

我想最后一步将是join file1 file 2 > file 3。

答案1

awk 'NR==FNR{ snp[$3]; next }
{ $6=($3 in snp)?(FNR==1?"AN1":"1"):"0" }1' file2 file1

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