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根据公共列合并两个文件；如果文件 2 中存在该变体，则保留该值，并为文件 2 中不存在的变体添加 0

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根据公共列合并两个文件；如果文件 2 中存在该变体，则保留该值，并为文件 2 中不存在的变体添加 0

我想合并两个文件，它们共享一些共同的数据。文件 1 包含多个文件 2。我想按照文件 1 的顺序根据共享列 (3) 合并文件，并且当文件 2 中不存在该变量时，我想将 0 添加到第 5 列 (AN1)，如果存在，添加 AN1 的原始值（连续变量）。

我的文件如下所示：文件 1

CHR BP  SNP CM  base
10 99969507 rs35122894 0 0.23
10 99966455 rs17451447 0 1
10 99964768 rs72826281 0 0.43
10 9996313 rs111848993 0 0.01

文件2

CHR BP  SNP CM  AN1
10 99969507 rs35122894 0 1.000000000000000
10 99966455 rs17451447 0 0.678999997353345
10 99964768 rs72826281 0 0.876534244415788
10 9996313 rs111848993 0 0.003456777789882

我想根据第 3 列 (SNP) 来匹配它们。我想暂时保留所有其他列。

我想要的输出如下所示：文件 3

CHR BP  SNP CM  base AN1
10 99969507 rs35122894 0 0.23 1.000000000000000
10 99966455 rs17451447 0 1 0.678999997353345
10 99964768 rs72826281 0 0.43 0.876534244415788
10 9996313 rs111848993 0 0.01 0.003456777789882

我尝试用 awk 来做到这一点：

awk 'NR==FNR{ snp[$3]; next }
{ $6=($3 in snp)?(FNR==?"AN1[$5]):"0" }1' file2 file1 > file3

awk 'NR==FNR{a[$3]=$5;next} {print $1,$2,a[$3],$4,$5,$6}' File2 File1 > file3

答案1

$ awk 'NR==FNR{an1[$3]=$5; next} {print $0, an1[$3]}' file2 file1
CHR BP  SNP CM  base AN1
10 99969507 rs35122894 0 0.23 1.000000000000000
10 99966455 rs17451447 0 1 0.678999997353345
10 99964768 rs72826281 0 0.43 0.876534244415788
10 9996313 rs111848993 0 0.01 0.003456777789882

如果根据您在问题下的评论，您希望0在 SNP 值不在数组中时进行打印，则：

awk 'NR==FNR{an1[$3]=$5; next} {print $0, ($3 in an1 ? an1[$3] : 0)}' file2 file1

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