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sed 替换整数后面的分隔符

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sed 替换整数后面的分隔符

给定一个文件名，chrIII:834297-835206:-.miRanda.txt我想生成一个最小的床格式（制表符分隔的数据）：

chrIII  834297  835206  -

我很难告诉sed只转换-整数后面的第一个分隔符（即不要弄乱第二次出现的链信息）。我的尝试echo *.miRanda.txt | sed 's/.miRanda.txt//g' | sed 's/:/\t/g; s/[0-9]-/\t/g'是不正确的，如果有人可以提供帮助，我将不胜感激（我怀疑我必须围绕[0-9]某种模式，但我在不知道术语的情况下努力用谷歌搜索这个）。

解决方案并不一定是需求sed。

答案1

这是一种方法（使用 GNUsed或任何其他支持的方法-E）：

$ echo chrIII:834297-835206:-.miRanda.txt |     
    sed -E 's/^(chr[^:]+):([0-9]+)-([0-9]+):([^.]+).*/\1\t\2\t\3\t\4/'
chrIII  834297  835206  -

请注意，这假设您永远不能将 a.作为第四个字段（床文件中的名称）。如果这不是一个安全的假设并且您需要使用扩展，您可以这样做：

$ echo chrIII:834297-835206:-.miRanda.txt | 
    sed -E 's/^(chr[^:]+):([0-9]+)-([0-9]+):(.+)\.miRanda.txt/\1\t\2\t\3\t\4/'
chrIII  834297  835206  -

另请注意，最小床格式根本不需要第四个字段。这是一个有效的床文件：

chrIII  834297  835206

最后，你的方法是几乎在那里，尽管比严格需要的稍微复杂一些。您从开始位置删除了最后一个整数，因为它用制表s/[0-9]-/\1\t/符替换了数字和。-这与您的命令基本上相同，只是稍微调整以解决此问题并删除不必要的g全局运算符：

$ echo chrIII:834297-835206:-.miRanda.txt | 
    sed 's/\.miRanda.txt//' | 
        sed -E 's/:/\t/g; s/([0-9])-/\1\t/'
chrIII  834297  835206  -

我不知道你为什么说这对你来说失败了。

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