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如何使用 OR 来匹配两个模式？

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如何使用 OR 来匹配两个模式？

我需要使用grepandawk来匹配两种类型的模式，但我无法弄清楚语法。

我的文件具有以下值：

sample1,gicode1,123,4541,221,3661,Sodalis sp.1
sample2,gicode1,123,0322,12,112342,Sodalis sp.2
sample3,gicode1,112,4541,00,2342,Candidatus sp.
sample4,gicode1,2341,4541,00,9606,Homo sapiens

我需要获取具有 的行数Sodalis。这可以在名称中（因此第七列）或基于出租车，因为有时出现的命名不准确。 ID 是第 6 列。

我的问题是，有时第六列中的 ID 可以与其他列中的值匹配，这些值是不是id。如果我想要SodalisID 的物种2342，它会在样本 3 中正确显示，但它也是样本 4（第 3 列）中的评分值。

awk -F, '$6==2342'我可以使用或简单地使用名称来获取正确列中的 ID grep 'Sodalis'，但我遇到了将两者结合起来的问题，如下所示：

cat myfile.txt | grep "Sodalis" OR awk -F, '$6==2342' | wc -l

返回值应该是 3，但我要么得到 2（对于grep），要么只得到 1（对于awk）。我已经尝试了很多变体，||甚至&是：

cat myfile.txt | grep "Sodalis" || cat myfile.txt | awk -F, '$6==2342'

但它给出了答案1。

我知道用 grep 我也可以使用，grep -E 'Sodalis|2342'但不幸的是，这会返回 4，因为第二个模式与样本 4 匹配，其中得分值恰好是2342。有没有办法grep根据某一列获取值？我还需要显示完整的行，因为我想将这些结果保存为名为Sodalis.txt.

答案1

这里不需要 grep - awk 完全能够匹配模式：

awk -F, '/Sodalis/ || $6==2342' myfile.txt | wc -l

或者

awk -F, '/Sodalis/ || $6==2342 {c++} END{print c}' myfile.txt

（回应评论）如果您Sodalis只想将 的匹配限制为第 7 列，并且可能从文件中每行读取第 6 列 ID 的列表ids.txt：

awk -F, 'NR==FNR{ids[$1]; next} $7 ~ /Sodalis/ || $6 in ids' ids.txt myfile.txt

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