在使用 GROMACS(软件包)进行分子动力学时,用户会收到一系列交互式问题。虽然我知道为了避免一些交互式问题,我们可以将值作为参数传递给函数,但对于其余函数,我无法找到任何合适的参数(以便预先传递值)。于是疑惑地想,是否可以让bash用一段代码来代表我们回答。让我举个例子
当我们运行代码时
gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
我们得到一系列的选项
Select a continuous group of solvent molecules
Group 0 ( System) has 14020 elements
Group 1 ( Protein) has 1095 elements
Group 2 ( Protein-H) has 548 elements
Group 3 ( C-alpha) has 71 elements
Group 4 ( Backbone) has 213 elements
Group 5 ( MainChain) has 283 elements
Group 6 ( MainChain+Cb) has 346 elements
Group 7 ( MainChain+H) has 354 elements
Group 8 ( SideChain) has 741 elements
Group 9 ( SideChain-H) has 265 elements
Group 10 ( Prot-Masses) has 1095 elements
Group 11 ( non-Protein) has 12925 elements
Group 12 ( Other) has 49 elements
Group 13 ( LIG) has 49 elements
Group 14 ( Water) has 12876 elements
Group 15 ( SOL) has 12876 elements
Group 16 ( non-Water) has 1144 elements
Select a group:
我们必须手动输入值 15。我们可以自动输入 15 吗?这个问题有两个部分。首先,我们了解交互式询问的“SOL”是什么,然后输入适当的数字(即15)。但几乎所有时候,它的值“15”都会被传递。所以通用的解决方案,只是传递值也很好。