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在 Archlinux 上安装 DESeq2

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在 Archlinux 上安装 DESeq2

我尝试运行推荐的安装说明：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("DESeq2")

经过很长的打印输出后，我观察到了这条消息。

Warning messages:
1: In .inet_warning(msg) :
  installation of package ‘genefilter’ had non-zero exit status
2: In .inet_warning(msg) :
  installation of package ‘DESeq2’ had non-zero exit status

在 Ubuntu 上我也发现了这个问题，这个问题已经被可靠地解决了这个答案。但我无法libcurl-openssl在 Arch 上安装该软件包。

如何在 Archlinux 上安装 DESeq2？

答案1

不确定这现在有多大帮助，但这可能是 R Studio 系统对gcc-fortran.尝试运行：

sudo pacman -S gcc-fortran

当我遇到同样的问题时，这对我有用。

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