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尝试将路径放入变量中；没有权限

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尝试将路径放入变量中；没有权限

我在一个目录中有 20 个感兴趣的文件。它们可以分为 5 组，每组由文件名中的 626 到 630 之间的数字标识。例如，可能（假设）有一个名为 the-quick-brown-fox-jumps-over-627-lazy-dogs_1_bbduk.fq.

我想迭代每个组并将文件的路径临时存储为文本变量（与循环中的其他命令一起使用for）。这就是我现在所拥有的：

for i in {626..630};do
  fw1=$(/scratch/[username]/data/*"$i"-*_1_bbduk.fq)
  fw2=$(/scratch/[username]/data/*"$i"_*_1_bbduk.fq)
  rv1=$(/scratch/[username]/data/*"$i"-*_2_bbduk.fq)
  rv2=$(/scratch/[username]/data/*"$i"_*_2_bbduk.fq)
done

问题：我得到了正确的路径（每个路径只有一个选项），但它显示“权限被拒绝”，并且我稍后似乎无法将该变量用作文本。看起来 bash 正在尝试执行它，这不是我想要的。

我尝试过在周围添加单引号（例如，，fw1='$(/scratch/[username]/data/*"$i"-*_1_bbduk.fq)'但这会删除通配符。我考虑过双引号（“”），但我不确定如何使用它们而不弄乱“$i”变量。我已经尝试使用echo（例如， fw1=echo $(/scratch/[username]/data/*"$i"-*_1_bbduk.fq)但仍然存在“权限被拒绝”问题。

答案1

Bash 正在尝试执行文件名，因为您将每个文件都包含在

$( ... )

如果这不是您想要的，请使用：

for i in {626..630}; do
  fw1=/scratch/[username]/data/*"$i"-*_1_bbduk.fq
  fw2=/scratch/[username]/data/*"$i"_*_1_bbduk.fq
  rv1=/scratch/[username]/data/*"$i"-*_2_bbduk.fq
  rv2=/scratch/[username]/data/*"$i"_*_2_bbduk.fq
done

编辑：

根据您的评论，此代码可能是您想要的：

for i in {626..630}; do
  fw1="$(compgen -G /scratch/[username]/data/*"$i"-*_1_bbduk.fq)"
  fw2="$(compgen -G /scratch/[username]/data/*"$i"_*_1_bbduk.fq)"
  rv1="$(compgen -G /scratch/[username]/data/*"$i"-*_2_bbduk.fq)"
  rv2="$(compgen -G /scratch/[username]/data/*"$i"_*_2_bbduk.fq)"
done

答案2

吉姆正确识别您的代码存在问题，但是（IMO）更好的解决方案更接近您已有的解决方案：

fw1=(/划痕/用户名/data/*"$i"-*_1_bbduk.fq)

（注：没有$）会给你一个与 glob 匹配的文件名数组。有点尴尬的${#fw1[@]}是会告诉你数组中有多少个元素。例如，如果该数字是4，则您可以使用 ${fw1[0]}、 ${fw1[1]}和 ${fw1[2]} 来 ${fw1[3]} 访问这四个元素。但是 plain$fw1会给你${fw1[0]}，所以，如果你 110% 确定会有一个文件与每个模式匹配，你可以只使用简短的形式。

或者,你可以说

fw1=$(回显/划痕/用户名/data/*"$i"-*_1_bbduk.fq)

再说一次，你们很接近。 （但是，如果有可能存在多个与该模式匹配的文件，则数组解决方案会更好。）

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