☰

使用 docker 中的进程替换作为输入

tag-icon • tag-icon bash shell-script docker bioinformatics process-substitution
使用 docker 中的进程替换作为输入

最近，我在使用docker开发bash管道时遇到了一些问题。这涉及使用进程替换 [<()] 作为特定 docker 命令的输入。我知道这是分区挂载的问题。尽管编写了文件，但有谁知道另一种方法可以在 docker 中进行进程替换？

命令：

docker run --rm -v`pwd`:`pwd` docker pull staphb/samtools samtools bedcov <(grep "chr" `pwd`/hsa-genome/BED-new/On-Off_targets.txt | sed -E 's/:|-|;/\t/g' | cut -f2-6) `pwd`/HSA-output/Mapping_files/file.bam

samtools bedcov: can't open BED file '/dev/fd/63': No such file or directory

最好的问候，威廉

相关内容