例如，我在名为sequence_test的文本文件中有以下序列： AAAAATGATGATGTGATTAAATTTTTGAGAGTGATATGATATTTTTATAGATATGAGTAGGATAGTATAGATAG
我想找到所有“A”字符的位置号并将其作为输出返回。我应该使用什么命令来做到这一点？
答案1
$ fold -w 1 file | sed -n '/A/='
1
2
3
4
5
8
11
16
19
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21
28
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34
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39
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56
59
62
64
67
69
71
73
这用于fold将输入的每个字符转换file为自己的行，然后sed用于输出每行的行号A。
该sed命令可以替换为任意数量的其他命令，例如awk '/A/ { print NR }'.
显然，专门使用awk也是可能的。以下用于substr()依次提取每个字符并输出该字符的位置（如果它是 ）A：
awk '{ for (i = 1; i <= length; ++i) if (substr($0,i,1) == "A") print i }' file
如果您想要以逗号分隔的列表中的所有数字，请将上述结果传递给paste -s -d, -.
答案2
使用乐（以前称为 Perl_6）
~$ raku -ne '.from.put for m:g/A/;' file
如果您只有一个单行文件，则可以使用上面的简单代码。该.from调用告诉您匹配从哪里开始（零索引）。或者，您可以使用.to返回比赛结束的位置。无论哪种方式，位置都会被返回，每行一个。
如果您有一个多行文件，您会想知道匹配字符的位置每行。下面的代码创建了一个哈希数组，它的作用就是：
~$ raku -ne 'state %a; state $i; $i++; for m:g/A/ { %a.push: $i => $_.from }; END .say for %a.sort;' file
样本输入（OP 的示例核苷酸序列，两次，中间有一个空行）：
AAAAATGATGATGTGATTAAATTTTTGAGAGTGATATGATATTTTTATAGATATGAGTAGGATAGTATAGATAG
AAAAATGATGATGTGATTAAATTTTTGAGAGTGATATGATATTTTTATAGATATGAGTAGGATAGTATAGATAG
示例输出：
1 => [0 1 2 3 4 7 10 15 18 19 20 27 29 33 35 38 40 46 48 50 52 55 58 61 63 66 68 70 72]
3 => [0 1 2 3 4 7 10 15 18 19 20 27 29 33 35 38 40 46 48 50 52 55 58 61 63 66 68 70 72]
通常，.say在 Raku 中用于提供人类可读的输出；但建议用于.put生产，因为.say会截断长序列（超过 99 个元素）。
上面的注释：要仅返回各行（假设是第一行）的结果，请将上面的代码更改END .say for %a.sort 为仅调用该<1>键（从而返回关联的值），如下所示：END .put for %a<1>;
示例输出（使用END .put for %a<1>;）：
0 1 2 3 4 7 10 15 18 19 20 27 29 33 35 38 40 46 48 50 52 55 58 61 63 66 68 70 72