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使用 unix，将文件从嵌套目录复制、重新定位和重命名到名称源自路径的 dir

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使用 unix，将文件从嵌套目录复制、重新定位和重命名到名称源自路径的 dir

我有一个 file.txt，其中包含 100 个文件及其路径的列表。以下是前 3 个条目：

/project/msun/USERS/me/czi/data/lb/MAP-9-003/c44caf4c-cab7-4749-9940-a74a66bceec3/c44caf4c-cab7-4749-9940-a74a66bceec3.bam
/project/msun/USERS/me/czi/data/lb/MAP-9-007/3e5a10e0-3928-40c5-8dfb-9bbe9d5e0105/3e5a10e0-3928-40c5-8dfb-9bbe9d5e0105.bam
/project/msun/USERS/me/czi/data/lb/MAP-9-013/e230fce2-8f54-4d30-bb75-38d11a438f68/e230fce2-8f54-4d30-bb75-38d11a438f68.bam

我想cp这些文件，重命名新文件并将它们放在另一个目录和路径中，其中新目录名称是旧路径第8级的目录，新文件名=新目录名称+文件扩展名。新的目录位置也会发生变化。我会将新文件排序如下：

/project/msun/USERS/me/czi/data/map/MAP-9-003/MAP-9-003.bam #(old c44caf4c-cab7-4749-9940-a74a66bceec3.bam)
/project/msun/USERS/me/czi/data/map/MAP-9-007/MAP-9-007.bam #(old 3e5a10e0-3928-40c5-8dfb-9bbe9d5e0105.bam)
/project/msun/USERS/me/czi/data/map/MAP-9-013/MAP-9-013.bam #(old e230fce2-8f54-4d30-bb75-38d11a438f68.bam)

我找到了这些帖子： 使用 xargs 复制目录和 将具有特定扩展名的文件从许多嵌套子目录复制到单个目录，并将目录名称附加到每个复制的文件中

执行相关任务，但我无法执行特定任务

答案1

我让你将文件复制到你想要的位置。要重命名，请使用珀尔的rename:

删除-n开关，又名试运行当你的尝试令人满意时重命名为真实的。

mkdir -p ./project/msun/USERS/me/czi/data/map
rename -n 's@(project/msun/USERS/me/czi/data/)lb/(MAP-.*?)/.*/.*.bam@$1map/$2.bam@' ./project/msun/USERS/me/czi/data/lb/MAP-9-0*/*/*.bam
# rm -rf ./project/msun/USERS/me/czi/data/lb/MAP*

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