grep -c "string" file.txt 如果“string”在下一行继续？

Question

正如标题所示，我正在尝试计算文本文件中字符串的实例。但是，在某些情况下，该字符串会继续到下一行。我如何改变这个简单的代码来查找“字符串”的实例，即使它碰巧被新行分割？

grep -c "string" file.txt

Answer 1

所以你需要：

1. 通过删除换行符将整个文件合并为一个字符串
2. 按模式将字符串分成多行FQTLLALHR
3. 计算结果的行数：

tr -d "\n\r" <file.txt | sed -e "s/FQTLLALHR/\n/g" | wc -l

完毕。

Answer 2

我正在研究 fasta 格式的蛋白质序列。条目以“">蛋白质名称”开头，后跟一个新行。该行开始字母（氨基酸）序列，每行占据 60 个字符，然后继续新行。为了保持类似的格式，但将“蛋白质名称”之间的每个序列放在一行上，我遵循：

awk '/^>/ {printf("\n%s\n",$0);next; } { printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < file.txt > new_file.txt

这将在当前目录中创建一个新的文本文件，其中所有序列都在一行中。然后我可以打开文本文件和Ctrl+F序列来计算出现次数，或执行：

grep -c "string" new_file.txt