☰

如何在shell脚本中为一个命令指定多个输入

tag-icon • tag-icon shell read
如何在shell脚本中为一个命令指定多个输入

我每个样本有几个 fastq 文件，所有这些文件都应该作为输入立即提供（因为它们都属于一个样本，所以不应该像 for 循环一样独立对待它们，因为它们是一个样本的输入，所以应该是一起治疗）。

这是一个简单的例子，s1 样本只有三个 fastq 文件：

NanoPlot -t 2 --fastq s1.reads1.fastq.gz s1.reads2.fastq.gz s1.reads3.fastq.g --maxlength 40000 --plots hex dot

现在假设我有超过 100 个用于 s1 的 fastq 文件，如何修改命令以将它们全部作为输入？

答案1

所以我的建议是提供一个文件名作为参数NanoPlot，包含 FASTQ 文件列表，并相应地处理程序中的列表，例如

NanoPlot -t 2 --fastq fastq_files.list --maxlength 40000 --plots hex dot

内容fastq_files.list如下：

s1.reads1.fastq.gz
s1.reads2.fastq.gz 
s1.reads3.fastq.gz
...etc

答案2

如果这适用于NanoPlot：

NanoPlot -t 2 --fastq s1.reads1.fastq.gz s1.reads2.fastq.gz s1.reads3.fastq.gz --maxlength 40000 --plots hex dot

并且您想要传递以 开头s1.和结尾的所有文件名.fastq.gz，那么一个简单的 shell glob 也应该可以做到这一点：

NanoPlot -t 2 --fastq s1.*.fastq.gz --maxlength 40000 --plots hex dot

shell 应按通常的字典顺序对文件名进行排序，因此数字按1< 10< 11<2等排序，因此请注意这一点是否重要。

如果你想让程序看到单身的文件包含所有此类文件中的数据，那么您可以使用进程替换（在 Bash/ksh/zsh 中）来cat执行此操作：

NanoPlot -t 2 --fastq <(cat s1.*.fastq.gz) --maxlength 40000 --plots hex dot

相关内容