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为什么这个 bash 脚本不起作用（for 循环内的变量赋值）？

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为什么这个 bash 脚本不起作用（for 循环内的变量赋值）？

我对 bash 脚本还很陌生，所以如果这是显而易见的，我深表歉意！

我正在尝试创建一个 bash 脚本来遍历格式为 ID1.1.fq.stuff、ID1.2.fq.stuff、ID2.1.fq.stuff、ID2.2.fq 的一堆文件。该脚本旨在查找配对的文件（ID1、ID2 等的文件），然后将它们一起提交到名为 STAR 的程序进行下游处理。

我制作了以下 bash 脚本：

#/!/bin/sh
module load STAR
current_id = ""
current_file = ""
 for fqfile in `ls path/*`; do
  filename = ${fqfile%%.fq*}
  id = ${filename%.*}
  if $id == $current_id; then
   STAR --readFilesIn $current_file $fqfile --outFileNamePrefix ./$id.bam
  else
   current_id = $id
   current_file = $fqfile
  fi
done

当我运行它时，我收到以下错误：

[path to $id, without file extensions]: No such file or directory
current_id: command not found
current_file: command not found

我究竟做错了什么？

谢谢你！

答案1

我使用了 bash 语法，因为问题被标记为巴什

原脚本有问题

  • 迭代 ls 输出
  • 忽略不匹配的 glob
  • 不正确的施邦
  • 没有使用双引号来防止通配和分词
  • 没有引用 == 的右侧以防止全局匹配
#!/usr/bin/env bash
 
# Instructs bash to immediately exit if any command has a non-zero exit status    
set -e 
# Allows patterns which match no files to expand to a null string, rather than themselves
shopt -s nullglob
 
module load STAR
 
# Don't put spaces around '=' when assigning variables in bash.
current_id=""
current_file=""
 
# Iterating over ls output is fragile. Use globs
for fqfile in path/*.fq*; do
  filename="${fqfile%%.fq*}"
  id="${filename%.*}"
  if [[ $id == "$current_id" ]]; then
   STAR --readFilesIn "$current_file" "$fqfile" --outFileNamePrefix "./$id.bam"
  else
   current_id="$id"
   current_file="$fqfile"
  fi
done

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