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“致命错误：无法分配足够的内存”但有大量未使用的交换区

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“致命错误：无法分配足够的内存”但有大量未使用的交换区

我正在尝试跑步螃蟹（特别是“成对全局对齐”小节，它调用虚拟搜索）在 128GB RAM 工作站上，操作系统=Ubuntu 23.04，内核=6.2.0-39generic。

我在运行分析时没有问题，同时减少了用作参考的序列的最大长度，但我想使用完整的参考数据库。

当我使用完整数据集启动脚本时，分析大约 30% 时失败，并显示以下消息：

Fatal error: Unable to allocate enough memory。

然而该系统有：

  • 128GB内存

  • 776 GB 交换空间

交换区组织在一个分区 + 2 个交换文件中（全部位于 NVME SSD 上）。

NAME           TYPE      SIZE   USED PRIO
/swap.img      file        8G 339,4M   -2
/dev/nvme0n1p3 partition 256G     1G   -3
/home/swapfile file      512G     0B   -4

Swappiness 设置为 60：

cat /proc/sys/vm/swappiness
60

并且系统在需要时正确交换。

在分析进行到大约 30% 时，分配了大约 100% 的 RAM 和大约 300GB 的交换区，分析停止并出现上述错误。但是，系统应该还有超过 400GB 的可用交换空间。

我已经检查过 CommitLimit（等于可用内存总量）和大约发生故障时的 Commied_AS，但最后一个约为 300GB（如图所示）顶部， 也）。

我还设置了：

echo 100 > /proc/sys/vm/overcommit_ratio

并且还尝试过：

systemctl disable --now systemd-oomd
systemctl mask system-oomd

有人知道是否有任何其他系统参数/选项可能会限制可用交换大小？

非常感谢您的帮助。

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