我即将开始攻读博士学位，并对人们做事的各种可能方式以及它们很少混合的方式感到困惑。
我 (显然) 很愿意用 TeX 来做，而且我有 ViM 背景，我打算继续使用，并且正在使用门德利用于文章追踪。
有人可以建议/推荐一个用于管理 TeX 论文大小工作的“系统”指南，包括引用/参考/参考书目、图像和图表等吗？
另一个很好的帮助是将项目日记集成到同一个系统中，但我愿意听取有关这方面的经验丰富的想法。
我在我的工程学硕士论文中使用了 TeX，但我承认，到最后它就像用胶带和爱一样勉强粘在一起，希望能以更多的贡献智慧开始这篇论文。
无论如何，除非您推荐的指南已经做得非常出色，否则我打算编写自己的“指南”，希望能帮助其他人。
答案1
大学通常有 不好书面指南和设计糟糕的模板要求。其中大部分都是打字机问题解决方案的残余。如果你的大学没有这样的指南，而你可以自由地使用自己的风格，那你就太幸运了。
从一个好的基类开始。
book或者memoir根据koma需要进行修改。在写作周期早期使用版本控制（例如 git）和中央 git 服务器（例如 github）。
编写干净的 tex 文件。例如，参见Will Robertson 的 Github 页面，我建议你使用它作为指南。你也可以在 tex.sx 上找到很多信息（例如，参见使用 LaTeX 撰写和管理论文）。
最后但并非最不重要的一点是，立即开始输入你的论文。当我写论文时，我有两个额外的文件，一个叫做，
journal.tex另一个叫做todo.tex，但那是很久以前的事了，现在有更好的方法可以解决这类问题。目前在工作中，我使用安装了 wordpress 的本地主机来处理这些文件。我还使用贾布雷夫用于管理参考。
正如我已故的教授曾经说过的“...任何使用 LaTeX 撰写论文的人仅凭这一点就值得获得博士学位”，祝你好运！
答案2
继续Yiannis 的回答：
- 使用 Git 和评论惊人知道为什么要添加某些内容总是好的（例如，“在 blabbidy blab 上添加了一个部分，因为 X 教授希望它在那里。”）
- 考虑将章节/部分/想法拆分成单独的文件，并使用
\input{file}函数将它们合并到一个主文件中。 - 早期寻找一个好的 bibtex 解决方案并学会使用它。
- 如果你用的是 Mac，请了解纺织品商店因为它很棒，而且会让事情很多更轻松。
- 我把所有图都放在一个
images/文件夹中，这样会更整洁。您可以考虑使用子文件夹，根据您个人的强迫症程度进行进一步整理。 - 使用todo 包记录你需要做的事情。你最终会得到很多笔记；以某种方式记录它们。
- 这可能不是一个好主意，但请考虑永远不要删除任何东西。即使有版本控制。只需在您决定不使用的文本周围添加一个
\begin{comment},\end{comment}块。您可以稍后再回来查看它。或者（可能更好），找到某种方法来跟踪您的文本片段……很有可能，如果您花时间编写它，您将能够利用它，如果不是现在，那么以后。
答案3
我想在这里提出一条令人惊讶的未提及但极其重要的建议。我强烈建议您制定至少两个备份计划。硬盘故障和笔记本电脑被盗将使您在提交论文前一周回到石器时代。我是一名三年级化学博士生。我每天都管理我们实验室的计算机集群，但即使是我，也愚蠢到在近 8 个月内没有执行备份，而仅在 4 天前就遇到了主驱动器故障。值得庆幸的是，我没有丢失任何实际的论文材料，因为我有一个Dropbox帐户与 3 台计算机关联。2GB 空间足以满足您的论文以及可能需要进行的修订（如果您使用大量高分辨率图形），请将它们备份到一些物理驱动器上。
至少每周或每两周备份一次你的资料。
答案4
尽可能经常、有针对性地使用 Git。重要提示：您可以获得免费 Github 学术微计划可用于论文或其他研究工作。
\input{}为了简化特定章节的审阅，请使用命令而不是\include{}。这允许您编译整个文档，但只\includeonly{}在 pdf 中包含指定章节（通过）的材料。以下生成一个文件，其中包含所有章节的页码、目录和参考资料，但 pdf 输出中只包含第 4 章。这就像您编译了整个文档并从 pdf 中删除了第 4 章以外的所有内容。
\documentclass[]{your-thesis}
\includeonly{chap4}
\begin{document}
\include{chap1}
\include{chap2}
\include{chap3}
\include{chap4}
\include{chap5}
\include{chap6}
\end{document}