![通过 DOI 更新 Bibtex 字段](https://linux22.com/image/282973/%E9%80%9A%E8%BF%87%20DOI%20%E6%9B%B4%E6%96%B0%20Bibtex%20%E5%AD%97%E6%AE%B5.png)
我有一个大型 Bibtex,由 Mendely 创建。然而,Mendeley 习惯以奇怪的方式格式化期刊名称。当我通过 Mendely 中的 DOI 查找更新一个参考文献时,期刊名称的第一个字符就被大写。Mendely 提供的任何解决方法都无法解决此问题(例如重写引用样式)。
我正在寻找一种方法来迭代我的所有 bibtex 项目,如果相关 bibtex 项目有 DOI 字段,则用从 crossref.org/dx.doi.org 获取结果的名称覆盖期刊名称。
有人知道这种能够处理这种情况的工具/脚本吗?也许有人知道合适的 Jabref 插件?
答案1
同时,我还没有编写一个小型的 pyhton 程序,它完全可以满足我的需要:
它抓取整个 bibtexml 文件,从 doi 源检索期刊标题,并用过时的条目替换该条目。如果无法自动检索该条目,小脚本会尝试偶然执行此任务:
from xml.dom import minidom
import subprocess
import urllib.request
import urllib.error
import json
import codecs
xmldoc = minidom.parse('library.xml')
itemlist = xmldoc.getElementsByTagName('entry')
print('Number of items: ' + str(itemlist.length))
print("")
for s in itemlist :
print("Current item: " + str(s.attributes['id'].value))
# Convert from PMID to DOI
if len(s.getElementsByTagName('doi')) != 1 and len(s.getElementsByTagName('pmid')) >= 1:
print("DOI not available, but PMID found...")
pmid_s = s.getElementsByTagName('pmid')[0].firstChild.data
req = urllib.request.Request("http://www.pmid2doi.org/rest/json/doi/" + pmid_s, method='GET', headers={'Accept': 'application/json','Content-Type': 'application/json; charset=UTF-8'})
try:
json_s = urllib.request.urlopen(req).read().decode("utf-8")
except urllib.error.HTTPError as e:
if e.code == 404:
print("No web resources available :(")
if len(s.getElementsByTagName('journal')) >= 1:
journal_node = s.getElementsByTagName('journal')
journal_node_s = journal_node[0].firstChild.data
journal_title = journal_node_s.title()
journal_title = journal_title.replace(" Of ", " of ")
journal_title = journal_title.replace(" The ", " the ")
journal_title = journal_title.replace(" And ", " and ")
journal_title = journal_title.replace(" In ", " in ")
journal_node[0].firstChild.data = journal_title
print("Fix it manually: " + journal_node_s + " --> " + journal_title)
print("")
continue
else:
raise
json_l = json.loads(json_s)
doi_s = json_l['doi']
print("Convert: " + pmid_s + " --> " + doi_s)
doi = xmldoc.createElement("doi")
doi_text = xmldoc.createTextNode(doi_s)
doi.appendChild(doi_text)
s.childNodes[1].appendChild(doi)
# Crawl data by DOI
if len(s.getElementsByTagName('doi')) >= 1:
doi = s.getElementsByTagName('doi')
doi_s = doi[0].firstChild.data
print("DOI: " + doi_s)
req = urllib.request.Request("http://dx.doi.org/" + doi_s, headers={"Accept" : "application/vnd.crossref.unixref+xml"})
try:
contdoc_s = urllib.request.urlopen(req)
except urllib.error.HTTPError as e:
if e.code == 404:
print("No web resources available :(")
if len(s.getElementsByTagName('journal')) >= 1:
journal_node = s.getElementsByTagName('journal')
journal_node_s = journal_node[0].firstChild.data
journal_title = journal_node_s.title()
journal_title = journal_title.replace(" Of ", " of ")
journal_title = journal_title.replace(" The ", " the ")
journal_title = journal_title.replace(" And ", " and ")
journal_title = journal_title.replace(" In ", " in ")
journal_node[0].firstChild.data = journal_title
print("Fix it manually: " + journal_node_s + " --> " + journal_title)
print("")
continue
else:
raise
contdoc = minidom.parse(contdoc_s)
# Parse journal_metadata node from crawled data
if len(contdoc.getElementsByTagName('journal_metadata')) >= 1:
journal_metadata = contdoc.getElementsByTagName('journal_metadata')[0]
journal_title = journal_metadata.getElementsByTagName('full_title')[0].firstChild.data
print("Fetched journal title: " + journal_title)
# Link parsed data to existing base data
if len(s.getElementsByTagName('journal')) >= 1:
journal_node = s.getElementsByTagName('journal')
journal_node_s = journal_node[0].firstChild.data
print("Update: " + journal_node_s + " --> " + journal_title)
journal_node[0].firstChild.data = journal_title
else:
print("Item has neither DOI nor PMID. Skip it...")
print("")
xml = xmldoc.toxml(encoding="utf-8")
f = open("library-out.xml", "wb")
#xmldoc.writexml(f)
f.write(xml)
f.close()
这个 Python 脚本是为 Python 3.x 编写的
可以使用此工具将 bibtex 文件转换为 bibtexml 文件:http://sourceforge.net/projects/bibtexml/files/