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TikzDictionary 在 knitr 中缓慢且阻塞

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TikzDictionary 在 knitr 中缓慢且阻塞

我需要将包含许多幻灯片和 Tikz 图的演示文稿编织在一起。Knitr 非常适合这个，但它需要很长时间，而且我无法同时编织两个报告。

我已经将问题归结为 tikzDictionary 文件的磁盘保存问题。有两个问题，但我怀疑它们是相关的，并且有相同的解决方案。

问题 1：tikzDictionary 会在硬盘上为每个幻灯片和图表重写。这会减慢报告生成速度。

问题 2：如果我在第一个报告准备好之前用 Rscript 编写第二个报告生成，则会出现错误，并且报告生成会崩溃：

Quitting from lines 10-11 (./Slide_template_example.Rnw) 
Error in createLockFile(lockname) : cannot create lock file
Calls: knit2pdf ... dbExists -> dbExists -> dbList -> dbList -> createLockFile

我如何定义 tikzDictionary 以便不按幻灯片重写，并且不与另一个 R 会话冲突？

这是一个最小工作（崩溃）示例。在终端窗口中分别运行此示例：

Rscript Report_start.R "Report1"
Rscript Report_start.R "Report2"

R 文件：

## Report_start.R
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
report.name <- as.character(args[1])
library(knitr)
knit2pdf(input="Report_master_example.Rnw", compiler='xelatex', output=paste(report.name, ".tex", sep=""))

主 Rnw：

## Report_master_example.Rnw
\documentclass{beamer}
\usepackage{tikz}

\title{Beamer-example}
\author{Chris}

\begin{document}

<<data.prep, include=FALSE>>=
library(ggplot2)
library(tikzDevice)
options(tikzDefaultEngine='xetex')
plot.data <- data.frame(days=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9), price=c(2,3,4,3,5,6,5,7,8))
@

\begin{frame}[plain]
\titlepage%
\end{frame}

<<run-all-orig, include=FALSE>>=
out = NULL
for (i in 1:100) {
  out = c(out, knit_child('Slide_template_example.Rnw'))
}
@
\Sexpr{paste(out, collapse = '\n')}

\end{document}

幻灯片模板-Rnw：

## Slide_template_example.Rnw
<<, echo=FALSE >>=
  opts_chunk$set(fig.path=paste("figure/", report.name, "-nr-", i, "-", sep=""))
@

  \begin{frame}{Slide: \Sexpr{i}}
<<, echo=FALSE, dev='tikz', sanitize=TRUE, fig.width=6, fig.height=4, out.width='.40\\paperwidth', message=FALSE, warning=FALSE>>=
   p <- ggplot(plot.data, aes(x=days, y=price))
   p <- p + geom_line()
   p
@
  \end{frame}

希望有人会发现这个例子很有用。

答案1

对于这两个问题：

  1. 字典文件确实会针对每个单独的情节进行重写，并且无法避免。实际上文件哈希包，因此它不会像你想象的那么慢。你也可以打开缓存以避免重复计算。

  2. 您可以为不同的报告指定不同的字典文件路径，例如之后options(tikzDefaultEngine='xetex')，还指定：

    options(tikzMetricsDictionary = paste(report.name, 'tikzDictionary', sep = '-'))

    那么你的两份报告的字典文件就不会发生冲突。

答案2

我发现，至少在 Windows 7（64 位）下，操作系统中似乎存在竞争条件（可能是目录的某种缓存需要一段时间才能更新？），其中有时会删除锁定文件，但随后创建锁定文件的调用会失败，因为操作系统报告锁定文件仍然存在。这种情况在我使用的几个系统上间歇性地发生，但很频繁。

修改 filehash 以尝试几次等待几百毫秒的迭代，并在第一次尝试无法创建锁文件时重试，似乎可以解决这个问题。

请参阅 filehash git 上的问题和拉取请求：https://github.com/rdpeng/filehash/pull/6

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