我不确定我的标题是否正确，但请让我尝试解释一下：
我的 tex 文件基本组织如下：
\frontmatter
...
...
\mainmatter
\input chap1
\input chap2
...
每个章节输入都以 开头\chapter{name}。就章节编号而言，目录中的一切都很好；但是，pdf 中的“侧边栏导航”显示不正确。第一章之后的前两章嵌套在第一章中。
我注意到我可以通过设置 来解决这个问题\setnumber{chapter}{1}，\input chap1但这会弄乱目录，使章节编号从 2 开始。这当然会让我尝试\setnumber{chapter}{0}，这可以解决目录问题，但会弄乱导航层次结构。每次我按下它时，这个气泡都会在其他地方弹出。两种情况的图像：
最小工作示例：
\documentclass[11pt]{report}
\usepackage{
bookmark,
titlesec,
tabularx,
graphicx,
hyperref,
nameref,
amssymb,
amstext
}
\hypersetup{bookmarknumbered}
\setcounter{tocdepth}{4}
\setcounter{secnumdepth}{1}
\begin{document}
\maketitle
\tableofcontents
\listoftables
\listoffigures
\input 1-...
\input 2-...
\input 3-...
\input 4-...
\input 5-...
\input 6-...
\end{document}
最后我要指出的是，第一章与其他章节的唯一区别在于它不包含任何章节。注意到这一点后，我尝试添加一些章节。但这并没有改变问题。
任何帮助都将不胜感激！
更新
我已将上述内容更新为新的最小工作示例。我已抛弃论文模板类，因为该类太复杂，无法调试。我注意到输入 4 中有一个重复的方程式标签，并将其删除。我还bookmark按照建议添加了包。这些更改中的一个、一些或全部都解决了该问题。