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无法在 rStudio 中的“myFirstAlignment.tex”上运行“pdflatex”

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无法在 rStudio 中的“myFirstAlignment.tex”上运行“pdflatex”

收到此错误消息：

Error in texi2dvi(texfile, quiet = !verbose, pdf = identical(output, "pdf"),  : 
  unable to run 'pdflatex' on 'myFirstAlignment.tex'
In addition: Warning message:
running command '"pdflatex" -interaction=nonstopmode "myFirstAlignment.tex"' had status 1

在 rStudio 中运行这一系列命令时：

library(msa)
mySequenceFile <- system.file("examples", "exampleAA.fasta", package="msa")
mySequences <- readAAStringSet(mySequenceFile)
mySequences

myFirstAlignment <- msa(mySequences)
msaPrettyPrint(myFirstAlignment)

这是在 rStudio 和 MikTex 中全新安装 msa 包之后。

有什么建议么？

答案1

请参见https://support.bioconductor.org/p/91525/#91537等待答案。

请参阅本页上的我的最后一个回答。

Tex 不处理路径中的奇怪字符。

您必须在文件中指定“安全”路径和文件名，msaPrettyPrint() 中的 Alfile 参数使用 tex 输出作为 msaPrettyPrint() 并使用 texi2pdf(tex_file, clean=TRUE) 进行编译

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