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在 awk 命令之后放回标题

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在 awk 命令之后放回标题

我有这样的文件。它称为 sam 文件

@HD VN:1.0  SO:unsorted
@SQ SN:RNU2-1   LN:388
@SQ SN:RNU6-1100P   LN:304
SRR959756.23    0   RNU2-1  56  0   6S32M12S    *   0   0   CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhghhghhhhhhhhhhhhhhfhhhhhhghf  AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:0  MD:Z:32 YT:Z:UU
SRR959756.23    256 RNU2-2P 56  0   6S32M12S    *   0   0   CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG  *   AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:0  MD:Z:32 YT:Z:UU
SRR959756.23    256 RNU2-6P 55  0   6S32M12S    *   0   0   CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG  *   AS:i:56 XS:i:64 XN:i:0  XM:i:4  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:1  MD:Z:11T20  YT:Z:UU

我想过滤第 15 列的文件，即 XM，所以我写了这个

awk '$15 ~ /^XM:i:0/ || $15 ~ /^XM:i:1/ || $15 ~ /^XM:i:2/ || $15 ~ /^XM:i:3/ {print $0}' file.txt

这样做时，我丢失了以@（前三行）。我怎样才能保持它们在输出中的原样。

输出应该是这样的

@HD VN:1.0  SO:unsorted
@SQ SN:RNU2-1   LN:388
@SQ SN:RNU6-1100P   LN:304
SRR959756.23    0   RNU2-1  56  0   6S32M12S    *   0   0   CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhghhghhhhhhhhhhhhhhfhhhhhhghf  AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:0  MD:Z:32 YT:Z:UU
SRR959756.23    256 RNU2-2P 56  0   6S32M12S    *   0   0   CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG  *   AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:0  MD:Z:32 YT:Z:UU

标题行（以 @ 开头）也可以有更多，例如数百个。我只使用了前 3 行。

答案1

我尝试过这个并且有效

awk '$0 ~ /^@/ || $15 ~ /^XM:i:0/ || $15 ~ /^XM:i:1/ || $15 ~ /^XM:i:2/ || $15 ~ /^XM:i:3/ {print $0}' file.txt

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