请原谅这个非常基础的问题。我最近开始使用 R bookdown 尝试写论文。我读过食谱和 book down 指南。我使用 rmardown，并且理解这一点，但我不明白 bookdown 如何“知道”要把什么放在一起。根据帮助表的指示，我有几个章节：
- 索引
- 01-引言（主要为自由文本）
- 02 方法（主要是表格）
- 03 结果（输出、图表、表格）
- 04 结论（自由文本）。
通常在 rmarkdown 中，我打开的每个新文件都有一个“r 设置”块，用于设置文档的初始全局决策（例如，echo=TRUE）。我还安装并加载了该文档所需的所有包。我还需要在 bookdown 中执行此操作吗？还是我只需在索引章节中执行一次？我只是不太明白索引中应该放什么，其他章节中不应该放什么。
另外，每次我保存时，它都会创建一个“book”文件夹和“book down 文件”。我想我只是不碰这些？
最后：如果我在第 3 章中创建了一个图表，我可以将其放在第 2 章中吗？还是它按章节顺序呈现，并且为我的所有图表代码创建一个单独的文件是否更好？
非常感谢
答案1
对于 R 块，理解这一点的重点是，bookdown 默认渲染方法是“合并和编织”（MK），但可以制作“编织和合并”（KM），因此您需要的 R 块取决于此。使用默认 MK 就像编译 Rmarkdown 的单个文件，因此您在“简介”中的 R 块中所做的操作将在“结果”的 R 块中考虑。所有代码都在单个 R 会话中运行。使用替代方法，每个章节的 R 代码都是独立执行的。
对于 LaTeX，无论您使用 MK 还是 KM 方法，最终都会有一个导出为 LaTeX 格式的 markdown 合并版本，这样编译器将始终处理单个文档，因此您必须只提供一次所有 LaTeX 设置，在 YAML 标头中（index.Rmd 或在名为 的单独 YAML 文件中_output.yml），仅此而已。还请注意，出于同样的原因，.Rmd 文件中的 LaTeX 命令（例如\Large或\parskip5em）不仅可以应用您编辑的文件，还可以应用所有以下文件。（这可能会导致一些意外，您无法在单个文件的预览中检测到这一点）。
最后，该 _book目录用于输出，即您可以获得 PDF 格式的书籍或所有 HTML 书籍结构的地方，而 _bookdown_files 是编译期间所需文件的缓存文件夹。